Chapitre 1 Introduction

Commençons par présenter WildTrax. Quels sont ses objectifs?

  • La gestion de tous les aspects des capteurs environnementaux et des données biologiques, y compris les métadonnées relatives au terrain, les médias et les observations sur les espèces.
  • Le stockage sécurisé des données et leur accessibilité pour les utilisateur(-trice)s.
  • Le traitement des données provenant des capteurs environnementaux avec un haut degré de qualité et d’intégrité.
  • Le partage des données biologiques et provenant de capteurs environnementaux avec d’autres utilisateur(-trice)s de WildTrax, nos collaborateur(-trice)s et le public.
  • La découverte de données dans votre zone d’étude ou dans le système WildTrax.

Nous améliorons continuellement WildTrax en fonction des besoins des utilisateur(-trice)s et d’un processus de particpation des parties prenantes. Inscrivez-vous à l’infolettre ou consultez le page de développement pour rester informé(e)s des plus récentes versions des fonctionnalités.

1.1 Utilisation de ce guide

WildTrax est un outil développé par l’institut de surveillance de la biodiversité de l’Alberta (ABMI), la Bioacoustic Unit (BU) et le Bayne Lab, à l’Université de l’Alberta.

L’ABMI est une organisation scientifique indépendante, sans but lucratif et constituée en société. Depuis 2003, l’ABMI conçoit des outils, produits d’information et services axés sur la biodiversité et l’empreinte humaine en Alberta qui sont reconnus sur le plan scientifique et profitent au gouvernement provincial, à l’industrie, aux décideurs environnementaux et à tous les Albertains et Albertaines. Au fil du temps, l’ABMI est devenu un chef de file mondial dans l’application et le développement de la surveillance de la biodiversité.

La BU est un regroupement d’étudiant(e)s, de chercheur(-euse)s et de collaborateur(-trice)s qui met en œuvre des pratiques exemplaires au Canada en matière de technologie acoustique. Elle contribue à l’application des données acoustiques sur la faune et de la technologie correspondante pour répondre aux besoins de gestion environnementale et de recherche. L’équipe s’investit activement en recherche pour améliorer les méthodologies et les outils permettant de mieux comprendre notre environnement naturel par l’acoustique. Des client(e)s et des collaborateur(-trice)s s’associent régulièrement à la BU pour répondre leurs besoins de surveillance de la faune. Le degré d’implication de la BU varie d’un(e) client(e) à l’autre et peut aller de la simple communication d’informations à la réalisation d’un projet de recherche complet en son nom. Depuis 2012, la BU améliore continuellement l’organisation de ses données acoustiques et ses méthodologies de transcription.

Les recherches du Bayne Lab visent à comprendre les conséquences écologiques cumulatives des activités humaines sur la biodiversité. Les équipes du laboratoire combinent l’écologie comportementale, l’écologie des populations, et l’écologie des communautés avec des techniques de pointe en matière de surveillance de la faune, de plans d’enquête, de systèmes d’information géographique et de modélisation des habitats. Leur objectif est de formuler des recommandations sur les effets des perturbations humaines et naturelles sur la biodiversité dans l’optique de favoriser la conservation. Pour ce faire, elles cherchent à comprendre les interactions entre les espèces indigènes et les espèces envahissantes et entre les changements climatiques et l’utilisation des sols, de même qu’à peser les compromis économico-écologiques. Bien que plusieurs membres du laboratoire travaillent sur les oiseaux, leurs recherches n’ont aucun biais taxonomique. Le Bayne Lab travaille en étroite collaboration avec le gouvernement, l’industrie et les organisations de conservation afin de faciliter la prise de décisions relatives à la conservation.

Chaque capteur de WildTrax est pris en charge par une équipe exceptionnelle de chercheur(-euse)s et de collaborateur(-trice)s qui ont pavé la voie à une expérience à capteurs multiples dans WildTrax.

Jetez un coup d’œil à la liste complète de nos commanditaires et partenaires.

Le pronom « vous », utilisé tout au long de ce guide, fait référence au lecteur ou à la lectrice. Le pronom « nous » désigne l’équipe de WildTrax dans son ensemble. Les outils et fonctions de WildTrax, la terminologie et les champs importants sont en caractères gras.

1.1.1 Capteurs environnementaux

L’utilisation de capteurs environnementaux est de plus en plus fréquente pour surveiller les éléments environnementaux et les attributs écologiques à une échelle géographique étendue. Ces capteurs facilitent la collecte automatisée de données sur de longues périodes, ce qui permet d’accumuler de grandes quantités de données utiles.

1.1.2 Données biologiques

Des données biologiques peuvent être recueillies grâce aux capteurs environnementaux et permettent par exemple de faire le dénombrement d’animaux. WildTrax intègre sans heurts ce type de données provenant d’une multitude de capteurs et de points d’écoute, une méthode couramment utilisée pour déterminer l’abondance relative des taxons, en particulier celle des oiseaux.

1.1.3 Données ouvertes

Les données ouvertes sont accessibles, gratuites et peuvent être réutilisées et redistribuées par n’importe qui dans un format pratique et facile à utiliser. Le partage de données ouvertes profite à la fois à la communauté scientifique et à la société dans son ensemble. L’optimisation de l’accessibilité des données permet aux utilisateur(-trice)s (comme les chercheur[-euse]s, les praticien[-enne]s de la conservation ou le public) de trouver, de manipuler et d’analyser les données, et de relier des données aviaires à d’autres types d’informations. Les données ouvertes peuvent avoir une incidence directe sur les mesures de conservation et les connaissances en la matière, mais pour ce faire, elles doivent être utilisables, interopérables et fiables.

1.2 Démarrage

1.2.1 Administrateur(-trice)s

Êtes-vous un(e) administrateur(-trice) qui souhaite créer et/ou gérer une organisation ou des projets à l’aide d’un modèle libre-service dans WildTrax?

  • Créez un compte WildTrax en ligne.
  • Créez une ou plusieurs organisations à partir de votre compte. L’équipe de WildTrax communiquera avec vous pour terminer la configuration de votre organisation.
  • Créez des projets au sein de votre organisation.
  • Téléversez des données par vous-mêmes ou envoyez-les à l’équipe de WildTrax pour qu’elles les téléversent.
  • Traitez vos données d’image ou de son à partir des interfaces en ligne.
  • Téléchargez, passez en revue ou partagez vos données partout, en tout temps.

1.2.2 Identificateur(-trice)s

Si le rôle d’identificateur(-trice) vous a été attribué, vous travaillerez sur un projet, créez un compte WildTrax et transmettez votre nom d’utilisateur à l’administrateur(-trice) de projets. 

Les projets seront ensuite visibles sur votre tableau de bord.

1.2.3 Partenaires et collaborateur(-trice)s

Si vous êtes un(e) partenaire ou un(e) collaborateur(-trice) et souhaitez partager ou découvrir des données :

  • Parcourez les projets publiés dans le tableau de bord des projets ou dans la section Découvrir des données.
  • Soumettez une demande d’accès aux organisations ou aux projets pour signaler aux administrateur(-trice)s que vous aimeriez accéder à leurs données.

WildTrax est en faveur de l’ouverture et de l’accessibilité des données, et de nombreuses organisations choisissent désormais d’adopter un cadre plus ouvert, collaboratif et coproduit pour répondre à des questions écologiques. En raison de l’importance de la confidentialité des données, WildTrax propose également de nombreuses options et fonctionnalités permettant de contrôler la manière dont ces données sont partagées avec les autres utilisateur(-trice)s.

1.3 Comptes et types de membres

1.3.1 Création d’un compte

WildTrax fonctionne selon un modèle de contrôle d’accès basé sur les rôles. Un(e) utilisateur(-trice) du système représente une personne, et non une organisation ou un groupe de personnes. L’accès au système se limite aux utilisateur(-trice)s autorisé(e)s. Il s’agit d’un mécanisme dénué de motifs politiques conçu pour créer des rôles et des privilèges. Les utilisateur(-trice)s collaborent à la gestion ou au partage de données en vue de répondre à des questions scientifiques générales.

Cliquez sur « Connexion » sur la barre supérieure.

wildtrax header screenshot

Suivez les étapes de création d’un compte. Une fois que vous aurez confirmé votre adresse courriel, votre compte sera activé et vous pourrez commencer à utiliser WildTrax. Lorsque votre session est ouverte, votre prénom apparaît à droite de la barre supérieure, ainsi que le bouton « Mes données ».

wildtrax header screenshot logged in

Il n’est pas nécessaire d’avoir un compte WildTrax pour consulter les sections À propos et Ressources le présent guide et les données publiques des pages Télécharger les données et Découvrir les données. En plaçant votre curseur sur le bouton « Mes données » de la barre supérieure, vous pouvez accéder aux principales sections de WildTrax :

1.3.2 Paramètres d’utilisation

Pour accéder aux paramètres d’utilisation, ouvrez une session et placez votre curseur sur votre nom d’utilisateur(-trice) dans le coin droit de la barre supérieure.

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  • Nom: votre nom complet.
  • Initiales: un acronyme ou des initiales désignant un(e) observateur(-trice) ou un(e) utilisateur(-trice).
  • Adresse courriel: la principale adresse courriel associée à votre compte.
  • Inscription à l’infolettre: en activant le bouton à bascule, vous recevrez l’infolettre mensuelle de WildTrax à l’adresse courriel ci-dessus.
  • Langue: déterminez la langue par défaut de votre compte. Vous pouvez choisir entre l’anglais et le français.
  • Affiliation (facultatif) : désignez une organisation, une institution ou un groupe dont vous êtes membre ou utilisateur(-trice) dans WildTrax.

fr user settings

Une fois que vous avez apporté les changements souhaités, cliquez sur le bouton « Mettre à jour » pour les enregistrer.

Chapitre 2 Organisations

black birds flying during daytime photo by hermant

2.1 Configuration des organisations

Snow geese flying in the daytime

Les organisations occupent le sommet de la hiérarchie de WildTrax et constituent l’entité centrale à laquelle sont associées les données provenant de capteurs environnementaux, les données biologiques et les métadonnées. En cas de doute, si vous cherchez une information dans WildTrax, vous la trouverez probablement au niveau de l’organisation. Une organisation représente un groupe d’utilisateur(-trice)s qui recueillent des données, conçoivent et publient des projets, gèrent de l’équipement et évaluent des sites. Elle vous permet de coordonner vos efforts à ceux d’un grand nombre d’utilisateur(-trice)s de WildTrax pour créer un jeu de données structuré et normalisé. Les organisations qui figurant actuellement sont constituées, entre autres, des services gouvernementaux, des entreprises, des laboratoires de recherche et des organisations sans but lucratif.

Cliquez sur le bouton « Mes Données » de la barre supérieure suivi par « Mes organisations » pour accéder au tableau de bord des organisations. Cliquez sur le bouton « Créer une organisation », d’ici le formulaire de paramètres de l’organisation s’ouvrira.

fr create an organization

Remplissez les champs et enregistrez le formulaire. Un(e) administrateur(-trice) de WildTrax devra confirmer votre identité avant d’approuver votre demande de création d’organisation. Si vous éprouvez des difficultés techniques lors de la création d’une organisation, contactez le Soutien WildTrax.

Voici les champs et les paramètres contrôlés par l’organisation. Les paramètres de l’organisation contrôlent les valeurs par défaut et l’infrastructure générale des données qu’elle gère. Vous pouvez contrôler les paramètres en cliquant sur l’icône de crayon située à côté du nom de l’organisation dans le tableau de bord.

  • Acronyme de l’organisation : un nom abrégé pour votre organisation (par exemple: ABMI).
  • Nom complet de l’organisation : le nom complet de l’organisation.
  • Institution / entreprise / groupe : l’institution dont l’organisation fait partie, comme une université ou une ministère gouvernementale.
  • Emplacement de stockage par défaut : l’endroit où les données seront stockées.
  • Taille d’approximation : Taille du rayon d’approximation (en mètres) autour du site dans laquelle les coordonnées ont été randomisées (0 si les coordonnées n’ont pas été cachées).
  • Accès par défaut aux images de visite : paramètre de confidentialité par défaut qui sera appliqué aux photos de visite téléversées dans l’organisation (c’est-à-dire les « Images des visites ») (c’est-à-dire « Privé », « Accès au niveau du projet » et « Visible par le public »).
  • Autoriser les rapports de site : crée des rapports de site récapitulatifs lorsqu’activé.
  • Floutage des personnes : Le floutage des personnes permet aux administrateur(-trice)s d’une organisation d’utiliser l’intelligence artificielle (IA) pour brouiller automatiquement les personnes détecté(e)s dans les ensembles d’images. Les options comprennent : « Flou pour les utilisateurs anonymes (le cas échéant) », « Flou pour les non-administrateurs » et « Flou pour tous »
  • Description : une brève description de l’organisation.

Des paramètres par défaut peuvent être appliqués au niveau de l’organisation si vous ne souhaitez pas effectuer manuellement des opérations telles que l’approximation des sites ou l’accès aux images de visite.

Une fois votre organisation approuvée et les informations enregistrées dans le formulaire principal, l’onglet « Utilisateur(-trice)s » apparaîtra dans le formulaire des paramètres de l’organisation. Cet onglet vous permet d’ajouter des utilisateur(-trice)s à votre organisation à titre d’administrateur(-trice) ou de membre ayant un accès en lecture seule.

fr org members

Les chercheur(-euse)s principaux(-ales) d’une organisation répondent aux demandes d’accès liées à l’organisation ou à ses projets. En l’absence d’un(e) chercheur(-euse) principal(e) ou secondaire, les demandes d’accès de l’organisation et du projet sont adressées par défaut aux administrateur(-trice)s de l’organisation, puis aux administrateur(-trice)s du projet, dans cet ordre.

Les administrateur(-trices) de l’organisation gèrent de manière collaborative les médias et les métadonnées de l’organisation et ont la possibilité de :

  • Ajouter d’autres utilisateur(-trice)s de WildTrax à l’organisation ou aux projets.
  • Voir tous les sites de l’organisation et les modifier.
  • Consulter et modifier les métadonnées de visite, d’équipement et de médias.
  • Profiter des privilèges d’administration par défaut pour tous les projets de l’organisation.

Pour leur part, voici ce que les membres ayant un accès en lecture seule peuvent faire dans WildTrax :

  • Voir les sites réels (c.-à-d., qu’ils et elles peuvent voir les sites réels si un rayon d’approximation a été ajouté, mais ne peuvent les modifier)
  • Consulter les métadonnées de visite, d’équipement et de médias.
  • Profiter de privilèges de lecture seule dans tous les projets de l’organisation.

Le tableau de bord des organisations répertorie toutes les organisations de WildTrax. Le bouton à bascule en haut à droite « Afficher uniquement mes organisations » filtre la liste pour ne retenir que les organisations dont vous faites partie.

Si l’organisation est grisée, vous n’êtes pas membre de cette organisation. Cliquez sur le bouton à côté du nom de l’organisation, ensuite cliquez sur « Demande d’accès » et remplissez le formulaire de demande d’accès. Les administrateurs de l’organisation recevront une notification de votre demande d’accès.

2.3 Sites

Les sites sont les lieux physiques et géographiques où des capteurs environnementaux ont été déployés et/ou où des données biologiques ont été recueillies. Il s’agit d’un des éléments les plus importants de WildTrax, car les médias et les métadonnées y sont liés. L’accès aux sites est contrôlé et géré au niveau de l’organisation.

Vous pouvez contrôler les paramètres de chaque site en cliquant sur l’icône située à côté du nom du site. Les paramètres des sites configurent qui et ce que les utilisateurs peuvent voir dans le système :

Nom du site : le titre du site.

Latitude : une valeur numérique à 10 chiffres en notation décimale (p. ex. 54,67890918).

Longitude : une valeur numérique à 10 chiffres en notation décimale (p. ex. 115,0109191).

Élévation (m): l’altitude au-dessus du niveau de la mer (en mètres).

Visibilité de site : Option de confidentialité de site utilisée pour masquer les sites et/ou les données aux utilisateurs qui ne font pas partie de l’organisation ou du projet auquel le site appartient (« Visible », « Site – Caché » ou « Site + Données – Cachés »).

Paramètres d’pproximation de site : Les paramètres d’approximation de sites sont utilisés pour masquer les sites sensibles de manière que WildTrax et les autres utilisateurs n’en connaissent jamais les coordonnées exactes ; ils se composent de deux champs qui fonctionnent en tandem, l’approximation des sites et la taille d’approximation (m).

  • Approximation des sites : Si les coordonnées saisies sont exactes (« Sites réels ») ou décalées de manière aléatoire (« Site en mémoire tampon ») d’un rayon spécifié (c’est-à-dire la « Taille d’approximation m] »).
  • Taille d’approximation : Taille du rayon d’approximation (en mètres) autour du site dans laquelle les coordonnées ont été randomisées (0 si les coordonnées n’ont pas été cachées).

Description: une brève description du site. Des détails supplémentaires sur le site peuvent être ajoutés dans les métadonnées de la visite.

Dans le tableau de bord de l’organisation, cliquez sur l’onglet « Sites » Cliquez sur le bouton « Créer un site » pour ouvrir le formulaire de site, où vous pouvez ajouter les métadonnées spatiales ou contrôler les paramètres d’un site. Pour créer un site, il vous suffit de saisir le nom, la latitude et la longitude.

fr create location

Lorsque vous avez rempli le formulaire, cliquez sur « Enregistrer ». L’onglet carte apparaîtra, vous permettant de visualiser le point sur le paysage. Le site sera également visible sur les cartes à travers WildTrax.

Les sites sont créés de façon implicite lors du chargement des médias dans un projet. Si un site existe déjà, WildTrax y ajoutera le nouveau média.

fr delete site

Vous pouvez supprimer des sites à l’aide du bouton « Supprimer le site » situé dans le menu déroulant. Si le site contient des données (c’est-à-dire des visites, des médias ou des étiquettes), vous ne pourrez pas le supprimer tant qu’elles n’auront pas été supprimées (le bouton apparaîtra gris). Les sections sur les projets et les trois types de capteurs (enregistreurs autonomes, appareils photopoints d’écoute) présentent de façon plus approfondie la manière de procéder. Vu que les sites contiennent des données en cascade, des mesures de sécurité ont été mises en place pour éviter de les perdre.

 

fr merge

WildTrax vous permet également de regrouper des médias provenant de plusieurs sites. Vous pourriez vouloir regrouper des sites si un endroit a été visité plusieurs fois et qu’il a été nommé différemment à chacune des visites ou si deux sites se trouvent au même endroit.

  • Sélectionnez un site et cliquez sur la flèche déroulante.
  • Cliquez sur « Regrouper le site ».
  • Le formulaire de regroupement de sites s’affichera; assurez-vous de bien sélectionner le site source (site que vous souhaitez modifier) et le site cible (site vers lequel vous regroupez les données) dans la liste déroulante. Les médias seront regroupés, mais seules les métadonnées du site cible seront conservées.
  • Cliquez sur « Regrouper »; vous devriez maintenant voir uniquement les données du site cible choisi à l’étape précédente.

regreouper site

regrouper 2

Seuls les sites qui ont les mêmes coordonnées spatiales peuvent être regroupés. S’il manque des coordonnées spatiales à un site source ou cible, WildTrax utilise l’entrée existante pendant le regroupement. Le site regroupé ne génère des coordonnées spatiales si un site source et un site cible n’en contenaient pas.

Sync Locations UI First Screen

WildTrax vous permet également de téléverser et de télécharger par lots des métadonnées liées aux sites en cliquant sur le bouton « Gérer ». Cette fonction vous permet de gérer et de modifier les informations liées aux sites hors WildTrax et de les synchroniser avec celles qui figurent dans le système

Notez que vous devez être administrateur(-trice) de l’organisation pour pouvoir effectuer les étapes suivantes; toutefois, en tant que membre en lecture seule, vous pouvez télécharger des données.

Organization Download CSV

  • Cliquez sur « Télécharger le fichier CSV de sites » pour obtenir la liste actuelle de tous les sites et les métadonnées de votre organisation. Si vous n’avez pas encore de métadonnées, un modèle CSV vous sera fourni.
  • Apportez les modifications au fichier CSV.
  • Cliquez sur « Téléverser le fichier CSV de sites » pour ouvrir le formulaire de téléversement CSV; choisissez le fichier CSV qui se trouve sur votre ordinateur et cliquez sur « Aperçu des changements ». Cette fonction vous permet de prévisualiser les changements que vous apporterez aux données de votre site. S’il n’y a pas de différence, un message indiquant qu’aucun fichier a été détecté s’affichera.
  • Pour accepter les modifications, faites défiler la page vers le bas pour accepter les modifications.

Tous les processus de téléversement en lot vers WildTrax ne fonctionnent que sur l’ajout et la mise à jour. Vous ne pouvez rien supprimer en lot, même si vous êtes un administrateur(-trice) et que vous avez accidentellement téléversé(e) un csv vide, par exemple.

Options de confidentialité des sites

WildTrax offre plusieurs moyens aux administrateur(-trice)s d’organisations de contrôler les informations liées aux sites qui peuvent être vues par les membres de WildTrax. Ces options de confidentialité des sites permettent de protéger les données en cas de besoin.

La liste déroulante de visibilité de site est utilisée pour masquer les sites aux utilisateur(-trices) de WildTrax qui ne sont pas membres d’une organisation ou d’un projet.

  • Sélectionnez non visible – sites si vous souhaitez masquer le site ; seuls les membres de l’organisation verront son emplacement sur la carte. Les données sur les espèces peuvent toujours être téléchargées par des non-membres, mais en l’absence de coordonnées, ces derniers ne sauront pas d’où proviennent les données.
  • Sélectionnez non visible – sites et données pour masquer à la fois les informations du sites et des données des espèces. Ce paramètre permet de cacher toutes les données recueillies au site aux utilisateur(-trice)s qui ne sont pas membres de l’organisation ou du projet.
  • Sélectionnez visible si vous souhaitez que le site soit visible sur les cartes par l’ensembles des utilisateur(-trice)s.

Si vous utilisez non visible – sites et données, vous pouvez vous référer aux rapports de site pour savoir comment partager des données avec des utilisateur(-trice)s qui ne sont pas membres de l’organisation ou du projet. Il peut s’agir de propriétaires fonciers, de collaborateurs ou d’autres utilisateurs auxquels vous ne souhaitez pas accorder de privilèges tout en étant en mesure de partager vos données.

L’attribution d’un rayon d’approximation à un site est un autre moyen de masquer les sites confidentiels. Il y a deux manières d’utiliser le bouton d’approximation des sites :

  • Vous pouvez indiquer les coordonnées du site réel dans le formulaire, puis demander à WildTrax de fournir un rayon d’approximation (dans le champ Taille de l’approximation).
  • Vous pouvez ajouter des sites auxquels un rayon d’approximation a déjà été appliqué (hors WildTrax) et indiquer le rayon d’approximation. De cette façon, WildTrax et les autres utilisateur(-trice)s ne connaîtront jamais l’emplacement réel du site.

Les administrateur(-trice)s d’organisations peuvent maintenant rendre publics des rapports pour chaque site de l’organisation. De cette façon, les administrateur(-trice)s d’organisations peuvent maintenant rendre publics des rapports pour chaque site de l’organisation. Cette fonction est particulièrement utile pour les organisations qui doivent fournir des rapports aux propriétaires fonciers, aux titulaires de baux, aux partenaires et aux collaborateur(-trice)s.

Le lien (lorsqu’il est activé) fournit des informations sur les visites (dates de visite, équipe et type d’appât/de leurre placé), les détections provenant des enregistrements, des images ou des points d’écoute collectés sur le site et les images de la visite (le cas échéant).

Voici comment procéder :

  • Accédez aux paramètres de votre organisation et cliquez sur Autoriser afin de générer un rapport.
  • Ensuite, dans la vue Organisation, cliquez sur l’onglet Sites, puis sur l’icône représentant un crayon à côté d’un site.
  • Ouvrez n’importe quel site de votre organisation et faites défiler la page vers le bas pour copier le lien du rapport. Vous pouvez l’ouvrir dans votre navigateur ou le partager avec le propriétaire foncier ou le (la) collaborateur(-trice) souhaité(e).

fr rapport 2

Vous pouvez ensuite accéder facilement aux éléments du rapport en cliquant sur les différents onglets, qui varieront en fonction des capteurs utilisés ou des données recueillies.

fr rapport

2.4 Visites

Une visite a lieu lorsqu’un(e) observateur(-trice) se rend sur un site pour recueillir des données biologiques ou provenant de capteurs environnementaux. Dans WildTrax, le fait d’installer de l’équipement sur un site pendant une visite s’appelle un déploiement. À l’inverse, le fait de récupérer un capteur environnemental sur un site s’appelle la récupération. À chacun de ces moments, vous pouvez ajouter des métadonnées sur le capteur (c’est-à-dire l’équipement) pour étayer la visite. Inversement, lorsque les médias sont téléversés dans WildTrax, il est possible de générer automatiquement la visite.

WildTrax prend en charge une variété de métadonnées de visite et mise sur une approche intégrée qui s’inspire des commentaires de ses principaux utilisateur(-trice)s. L’objectif est de trouver des moyens de normaliser la collecte des métadonnées de terrain afin que ces dernières puissent être aisément partagées avec d’autres organisations ou utilisateur(-trice)s de WildTrax. Vous pouvez soumettre une demande pour obtenir d’autres fonctions ou caractéristiques en communiquant avec Soutien WildTrax.

Il est important de recueillir les métadonnées de visite, car elles permettent de :

  • Définir des procédures de contrôle de la qualité pour la collecte des métadonnées et des médias provenant des capteurs environnementaux sur le site.
  • Faire le lien entre les activités sur le terrain et l’équipement, les médias et les données biologiques.
  • Recueillir des renseignements généraux sur le lieu où le capteur environnemental a été déployé ou les données biologiques ont été recueillies.

Dois-je collecter des metadonnées de visite?

Les métadonnées de visite ne sont pas obligatoires, mais vous ne pourrez pas télécharger d’images de visite ou de métadonnées d’équipement sans avoir effectué une visite.

Quelles sont les metadonnées de visite prises en charge par WildTrax ?

Pour chaque visite, vous pouvez également choisir d’ajouter un capteur environnemental ou de procéder à un dénombrement aux points d’écoute.

WildTrax permet actuellement d’ajouter des informations générales sur le paysage, des images de visites et des informations sur l’inventaire des capteurs et des équipements.

Fonctionnalités de visite

Voici quelques étapes à suivre si vous souhaitez commencer à utiliser les visites dans WildTrax :

Pour créer une visite :

  • Accédez à l’onglet Visites de l’organisation.
  • Cliquez sur « Créer une visite »
  • Sélectionnez ou recherchez le site dans la liste du tableau

fr create visit

fr select location

Le formulaire de métadonnées de la visite vous permet de dresser un historique des visites du site au fil du temps. Il présente également la liste des capteurs environnementaux déployés et récupérés à cet endroit.

fr create visit 2

  • Inscrivez la date de la visite.
  • Cliquez sur « Enregistrer ». Une fois le formulaire de visite principal rempli, le bouton « Ajouter un capteur » devient vert et vous permet d’ajouter des métadonnées relatives au capteur à la visite.

fr visit

Pour créer une visite, vous devez uniquement saisir la date de la visite; les autres champs sont facultatifs.

WildTrax vous permet de téléverser des photos pour chaque visite effectuée. Une fois la visite créée, l’onglet Photos de visite apparaît, ce qui vous permet de téléverser un dossier contenant des images ou un seul fichier.

fr photos

  • Sélectionnez vos photos, puis cliquez sur « Téléverser ». Elles seront ajoutées dans l’ordre au bas du formulaire avec le nom de l’image tiré du nom du fichier.
  • Vous pouvez cliquer sur « Modifier » pour ajouter des renseignements supplémentaires sur les attributs des photos ou sur « Supprimer » pour les supprimer complètement.

fr file name

WildTrax prend en charge les métadonnées suivantes pour chaque photo de visite.
  • Direction: direction cardinale du site décomposée en unités sous-cardinales.
  • Angle vertical: l’angle auquel la photo a été prise par rapport au nord cardinal.
  • Accès: l’accessibilité de la photo de visite. Cela est déterminé par les administrateurs de l’organisation.
  • Commentaires: toute information utile sur la photo de visite.

fr metadata

Une fois que des images sont associées à une visite, et donc à un site, les photos apparaissent sur la page d’enregistreur autonome ou de point d’écoute afin que les utilisateurs puissent voir le paysage où ils étiquettent ou collectent des données.

Visit Photo Grid section

Si vous utilisez un enregistreur autonome ou un appareil photo pour étudier un site, vous pouvez ajouter les informations sur le capteur au formulaire d’aperçu de la visite ou à la visite directement. Cliquez sur « Ajouter un capteur » pour ouvrir le formulaire du capteur.

Visit Summary Screen Summaries

Dans ce formulaire, vous pouvez sélectionner le type de capteur (enregistreur autonome ou appareil photo) ainsi que la visite durant laquelle l’équipement a été déployé ou récupéré. Vous pouvez également ajouter de l’équipement lorsque vous créez la visite.

2.4 add equipment to visit

En outre, vous pouvez ajouter du nouvel équipement en moins de deux en cliquant sur le bouton « Enregistrer » et en sélectionnant le type de capteur ou d’équipement dans le formulaire.

Vous ne pourrez pas ajouter d’information sur un capteur ou sur de l’équipement avant d’avoir créé ou sélectionné une visite. En d’autres mots, vous devrez d’abord avoir visité le site avant de déployer ou de récupérer de l’équipement.

Tous les médias téléversés dans WildTrax contiennent des métadonnées spatiales (sites) et temporelles (date et heure). Vous pouvez générer automatiquement des métadonnées de visite avec la fonction de génération automatique de visite, que vous trouverez en cliquant sur le bouton « Gérer ».

Vous pouvez choisir les paramètres de génération automatique avant de créer et d’effectuer le contrôle de la qualité des métadonnées de visite. Les champs que vous pouvez modifier sont les suivants :

  • Jours d’écart : le nombre de jours maximal suivant l’ajout de médias (enregistrements ou images) ou de données de points d’écoute au-delà duquel une nouvelle visite est créée.
  • Vérification de l’équipement : les numéros de série de l’équipement ayant servi à recueillir les médias sont comparés avec ceux qui figurent dans les métadonnées de visite.
  • Création de nouveaux enregistrements : de nouveaux enregistrements de visite sont suggérés en fonction des dates associées aux médias.
  • Modification des dates incorrectes : les dates associées aux médias sont comparées à celles qui figurent dans les métadonnées de visite. La date de la première image ou du premier enregistrement est considérée comme le début de la visite (p. ex. le déploiement d’un capteur) et la date de la dernière image ou du dernier enregistrement est considérée comme la fin de la visite (p. ex. la récupération d’un capteur, par exemple).

Avant d’utiliser cette fonction, prenez note de ce qui suit :

  • Des métadonnées de visite précises ne seront pas fournies pour les données provenant d’enregistreurs autonomes lors de la génération automatique de visites. En général, seul un sous-ensemble d’enregistrements est téléversé dans WildTrax lors du traitement, et ces enregistrements ne sont généralement pas les premiers réalisés par le capteur (p. ex. un signal vocal ou un test d’enregistrement). L’utilisation de la génération automatique de données est avantageuse lorsqu’une grande quantité de médias a été téléversée dans WildTrax, mais qu’aucune métadonnée de visite n’a encore été créée. Cela permet à un(e) administrateur(-trice) d’organisation de gérer les métadonnées de visite, d’ajouter des photos de visite, etc.
  • Cela dit, la fonction de génération automatique de la visite fonctionne à merveille pour les ensembles d’images et les dénombrements!
    • Lorsque des ensembles d’images sont téléversés dans le système, toutes les images, y compris celles qui sont prises au début et à la fin de l’ensemble (par exemple, lorsqu’une personne installe ou retire l’appareil photo), seront utilisées pour la génération automatique de la visite.
    • Le téléversement des dénombrements est simple : comme il n’y a qu’une seule occurrence à un moment et à un endroit donnés, l’historique de la visite est unique.

Pour utiliser la fonction de génération automatique :

  • Dans l’onglet Visites de l’organisation, cliquez sur « Gérer ».
  • Cliquez sur « Générer automatiquement les visites ».
  • Choisissez les paramètres que vous souhaitez utiliser (voir ci-dessus).
  • Cliquez sur « Rechercher les valeurs manquants ». Le traitement des résultats peut prendre un certain temps en fonction du nombre de médias ou de métadonnées de visite à traiter.
  • Le tableau correspondant comprendra le site, une comparaison des médias et les dates des métadonnées de visite. Le champ Action résume les informations créées lors de la génération automatique.
  • Sélectionnez un site pour accepter les résultats.
  • Faites défiler la page jusqu’au bas du tableau pour créer des visites ou annuler les sélections individuelles en créant toutes les visites à la fois. Les résultats seront ensuite importés dans le formulaire de métadonnées de la visite.

Comme pour les sites, vous pouvez téléverser par lots les visites et les métadonnées de visite en cliquant sur le bouton « Gérer ».

  • Cliquez sur « Télécharger les visites » pour obtenir la liste actuelle de l’ensemble des visites et des métadonnées de votre organisation. Si vous n’avez pas encore de métadonnées, un modèle CSV vous sera fourni avec le nom des colonnes.
  • Apportez les modifications au fichier CSV.
  • Cliquez sur « Téléverser les visites ».
  • Le formulaire de téléversement du fichier CSV s’affichera. Sélectionnez le fichier CSV sur votre ordinateur et cliquez sur « Aperçu des changements ». Cette fonction vous permet de prévisualiser les changements que vous apporterez aux données de votre site. S’il n’y a pas de différence, un message indiquant « Aucune modification détectée à ce site » apparaîtra.
  • Pour accepter les modifications, faites défiler la page vers le bas et cliquez « Appliquez les modifications ».

Pour créer une visite, vous devez uniquement saisir la date de la visite; les autres champs sont facultatifs. Voici la liste et la description des champs à remplir dans le fichier CSV que vous allez téléverser :

  • Site : le nom du site.
  • Date de visite : le jour de la visite au format AAAA-MM-JJ.
  • Équipe : l’équipe qui a visité le site.
  • Appât/type de leurre : Type d’attractif pour la faune (par exemple, odeur, leurre, appât, etc.) placé devant l’appareil photo (le cas échéant) ;
  • Mode d’accès : le mode d’accès de la visite (par exemple : à pied, en VTT, en hélicoptère, etc.)
  • Distance de l’essai de marche (m) : La distance horizontale (en mètres) de l’essai de marche effectué par l’équipe sur le terrain (en utilisant le mode essai de marche, s’il y a lieu)
  • Hauteur de l’essai de marche (m) : La distance verticale (en mètres) de l’essai de marche effectué par l’équipe sur le terrain (en utilisant le mode essai de marche, s’il y a lieu)
  • Élément face à une personne : Drapeaux utilisés pour déterminer si un appareil photographique fait face à un élément humain ou si une enregistreur autonome se trouve dans le champ d’un élément humain (en fonction du type de capteur) ;
  • Mode(s) de déclenchement de visite : Réglage de l’appareil photographique qui détermine la manière dont l’appareil photographique est activé (c’est-à-dire mouvement/chaleur [« Déclenchement »] et/ou à intervalles définis [« Prises de vues à intervalle »]) ;
  • Intervalle entre les images animées (secondes) : Réglage de l’appareil photographique qui fournit le temps (en secondes) entre les images au sein des séquences multi-images qui se produisent en raison d’un mouvement, de la chaleur ou de l’activation de dispositifs de détection externes. Si aucun intervalle d’image de mouvement n’a été défini, entrez « 0 » seconde (c’est-à-dire instantané) ;
  • Période silencieuse (secondes) : Réglage de l’appareil photo qui fournit le temps (en secondes) entre les événements de déclenchement, c’est-à-dire si l’appareil a été programmé pour faire une pause entre le premier déclenchement et le deuxième déclenchement. Si aucune période silencieuse n’a été définie, entrez « 0 » seconde. La période silencieuse diffère de l’intervalle d’images animées dans la mesure où le délai s’écoule entre les séquences d’images multiples et non entre les images contenues dans les séquences d’images multiples (comme c’est le cas pour l’intervalle d’images animées) ;
  • Commentaires : Commentaires décrivant des détails supplémentaires sur la visite ;

Le formulaire de métadonnées de la visite vous permet de dresser un historique des visites du site au fil du temps. Il présente également la liste des capteurs environnementaux déployés et récupérés à cet endroit. L’icône de crayon vous permet d’accéder au formulaire de visite, où vous pouvez saisir des renseignements supplémentaires. **This section of the visit form is handy when you are servicing sensors over multiple months or years, or you need to know detailed historic information about the visits that took place for data quality control.

fr visit summary

 

2.2 Organization properties

Chaque projet dans WildTrax relève d’une organisation. Il y a une seule organisation par projet.

Les données peuvent actuellement être téléversées à deux emplacements de serveurs (Oregon et Montréal), selon votre sélection d’emplacement de stockage par défaut. Ici, les choix se résument à l’endroit où les données sont stockées (aux États-Unis ou au Canada) et à la distance qui vous sépare du serveur, ce qui peut avoir une incidence sur la vitesse de téléversement et de téléchargement. Faites votre choix en fonction des conditions d’utilisation de votre organisation en matière de gestion des données et consultez les Conditions d’utilisation et la Politique de WildTrax.

WildTrax utilise les services Web d’Amazon (AWS) pour stocker les médias acoustiques compressés et les images brutes des caméras. La BU propose d’autres solutions de stockage à l’Université d’Alberta à Edmonton, en Alberta, au Canada. Veuillez écrire à info@wildtrax.ca pour en savoir plus à ce sujet.

Le rayon d’approximation des sites est contrôlé à partir de l’organisation.

Les rapports de sites sont des rapports sommaires sur les espèces, les médias et les visites pour chaque site de votre organisation. Utilisez les liens pour les transmettre aux collaborateur(-trice)s ou aux propriétaires fonciers.

Le champ d’accès aux images de visite vous permet de contrôler l’accès global à vos photos de visite. Vous pouvez également contrôler l’accès manuellement au niveau de la photo de visite.

Le floutage des personnes permet aux administrateur(-trice)s d’une organisation d’utiliser l’intelligence artificielle (IA) pour flouter automatiquement les personnes détecté(e)s dans les ensembles d’images. Les options comprennent : « Flou pour les utilisateurs anonymes (le cas échéant) », « Flou pour les non-administrateurs » et « Flou pour tous » (voir la section 5.3 pour plus d’informations).

Les organisations qui déasctivent le floutage des personnes des images comprennent que les images qu’elles téléversent, et éventuellement qu’elles publient, peuvent contenir des êtres humains, et le font à leurs risques et périls. Une fois que vous avez fait une sélection, il est impossible de l’annuler ; toutefois, cette option sera ajustable à l’avenir.

L’équipement est étroitement lié à l’organisation; idéalement, l’équipement utilisé pour recueillir les données lors des visites de sites est géré par votre organisation. Cependant, vous pouvez indiquer que l’équipement est prêté dans le tableau répertoriant les pièces d’équipement.

2.5 Équipement

Certains programmes de surveillance environnementale peuvent nécessiter un plus grand nombre de pièces d’équipement pour atteindre les objectifs de relevés ou pour couvrir la taille de l’échantillon. L’ABMI et la BU gèrent des milliers d’appareils photo et d’enregistreurs autonomes pour une multitude d’usages. Cette utilisation implique non seulement des tâches de collecte de données, mais aussi d’assurance de la qualité et d’entretien de l’équipement.

L’ABMI et la BU définissent des normes et des protocoles relatifs à quelques-uns des principaux types d’enregistreurs autonomes et d’appareils photo offerts sur le marché. Ils établissent aussi des pratiques normalisées pour la réparation ou l’évaluation de capteurs environnementaux dont la portée dépasse les objectifs du présent guide. L’onglet Équipement dans WildTrax vise à centraliser l’ensemble de vos pièces d’équipement de surveillance environnementale et à vous permettre de faire le suivi de son état de fonctionnement à l’aide de formulaires. C’est pourquoi la présente section est relativement courte.

WildTrax n’offre aucune recommandation directe sur les méthodes de réparation ou d’utilisation de l’équipement de surveillance, car l’usage que l’on fait de l’équipement va au-delà de ses fonctionnalités opérationnelles. WildTrax encourage néanmoins les utilisateur(-trice)s à échanger et à collaborer pour créer des protocoles normalisés. Les capteurs environnementaux sont robustes, mais de longues périodes d’utilisation sur le terrain peuvent compromettre leur bon fonctionnement, comme c’est le cas pour tout équipement exposé aux intempéries. Idéalement, les chercheur(-euse)s devraient vérifier que leur équipement fonctionne correctement avant d’entamer une collecte de données.

Tout comme les sites et les visites, vous pouvez téléverser ou télécharger les renseignements et les métadonnées sur l’équipement en cliquant sur le bouton « Gérer ». Le tableau ci-dessous présente les champs et les métadonnées du fichier CSV.

  • Marque: la marque de l’équipement (p. ex. Wildlife Acoustics ou Reconyx).
  • Modèle: le modèle de l’équipement (p. ex. SM2 ou PC900).
  • Numéro de série: le numéro de série de l’équipement (p. ex. H600HJ12269118)
  • Date d’achat: la date d’achat de l’équipement.
  • Type: le type d’équipement (p. ex. carte SD, enregistreur autonome, appareil photo, microphone).
  • État: état de l’équipement (p. ex. actif, cassé, prêté).
  • Commentaires: une brève description de l’équipement.

Pour synchroniser votre équipement:

  • Cliquez sur « Télécharger le fichier CSV d’équipement » pour obtenir la liste actuelle de toutes les pièces d’équipement et métadonnées de votre organisation. Si vous n’avez pas encore de métadonnées, modèle CSV vous sera fourni avec le nom des colonnes.
  • Apportez les modifications au fichier CSV.
  • Cliquez sur « Téléverser le fichier CSV d’équipement »
  • Cela vous mènera vers le formulaire de téléchargement CSV; choisissez le fichier CSV qui se trouve sur votre ordinateur et cliquez sur « Aperçu des changements ». Cette fonction vous permet de prévisualiser les changements que vous apporterez aux données de votre site. S’il n’y a pas de différence, un message indiquant « Aucune modification détectée à ce site » s’affichera.
  • Pour accepter les modifications, faites défiler la page vers le bas et cliquez sur « Appliquer les modifications ».

N’oubliez pas que vous pouvez également ajouter les renseignements sur votre équipement à la visite.

2.6 Gestion des médias

**Projects are the major entry point for your media in WildTrax. But the information for each recording and image set is also saved and becomes accessible in the organization in the Recordings and Image Sets tabs. Since projects belong to organizations, administrators can benefit from:

  • Aggregating media to encapsulate the organizations’ total survey efforts
  • Storing and managing the media to summarize its use in the system
  • Re-utilizing media for other purposes 

**An image set in WildTrax is defined as all the images taken at a location between two visits, whereas a recording is a single audio file.

Vous remarquerez rapidement que les résumés de ce type de données diffèrent des autres. Pourquoi? Voici quelques raisons:

  • Les appareils photo peuvent être actionnés par le mouvement ou à intervalles réguliers (prise de photos à une fréquence définie).
  • Un horaire d’enregistrement peut être programmé au préalable pour les enregistreurs autonomes afin de définir les moments et la durée des enregistrements.

  • Un fichier d’image unique est généralement inférieur à 1 Mo.
  • Un fichier audio non compressé unique (c.-à-d., de la qualité d’un CD) qui dure environ 10 minutes est généralement d’environ 100 Mo (10 fois plus volumineux).

  • Appareils photo : même si l’utilisateur(-trice) peut étiqueter un sous-ensemble d’images, les images sont téléversées dans WildTrax à partir d’un ensemble d’images.
  • Enregistreurs autonomes : le nombre de données recueillies à un site dépasse la capacité humaine de traiter la totalité des données acoustiques. Il faut donc sélectionner un sous-ensemble d’enregistrements.

Cliquez sur le menu déroulant de n’importe quelle ligne de données des onglets Enregistrements et Déploiements d’appareils photo pour afficher les informations sommaires de chaque type de média. Cliquez sur le nom de projet pour accéder directement à la tâche de l’appareil photo ou de l’enregistreur autonome et écouter les sons enregistrés ou voir les photos spontanées de petites bêtes.

Screen Shot 2022 08 26 at 3.59.14 PM

Gestion des données acoustiques

Cliquez sur le bouton “Gérer” dans l’onglet Enregistrements pour sélectionner l’option pour télécharger les enregistrements dans le menu déroulant. Les métadonnées du fichier CSV contiennent les informations suivantes :

  • Organisation : le nom de l’organisation
  • Nom du site : le nom du site
  • Latitude : une valeur numérique à 10 chiffres en notation décimale (p. ex. 54,67890918).
  • Longitude : une valeur numérique à 10 chiffres en notation décimale (p. ex. 115,0109191).
  • **Recording date/time : Date and time of the recording (YYYY-MM-DD HH:MM:SS)
  • **Task duration (seconds):  the duration the recording was processed during the task or the duration of the point count.
  • **Landscape features: any significant landscape features around the location at the time of the visit (e.g., beaver dam, agricultural field, etc.) (choose all that apply; recorded as a comma-delimited list).
  • **Location visit images: whether  visit images were recorded, i.e.,  photos of the area around the sensor collected during a visit to serve as a permanent visual record of the location characteristics, environmental conditions (e.g., vegetation, ecosite, weather) or other variables of interest.

**You can use the metadata of the recordings to begin generate processing tasks in the system. Uploading recordings through a project will also give you the option to easily generate tasks as you upload.

  1. Go to the Recordings tab and click Manage then Download Recordings. This will generate a csv list of all of your organizations’ recordings. With the fields mentioned above.
  2. Create or go to an ARU project
  3. Go to Manage and click Download Tasks or Download Task Template

Fill in the CSV with the following fields in order to generate tasks. You must fill in all these at a minimum. You can also generate tasks for the same recording at different lengths, for different observers and different method types. See the Acoustic Projects and Acoustic Tagging Methods sections for more information.

    • Location
    • Date
    • Method
    • Task Length
    • Observer (if no observer is assigned, WildTrax will use ‘Not Assigned’ by default)
    • Status (if no status is assigned, WildTrax will use ‘New’ by default)

Return to the project, click Manage followed by Upload Task Template. WildTrax will quality check the CSV before final upload into the project

fr create tasks

Gestion des données d’appareils photo

Media upload and metadata download to and from the organization is currently only available for recordings.

Within the image sets tab you can find summaries of the following information:

  • Site : le nom due site
  • Date/heure de début de l’ensemble d’images : La date et l’heure de la première image collectée dans l’ensemble d’images (au format  » AAAA-MM-JJ HH:MM:SS « )
  • Date/heure de fin de l’ensemble d’images : La date et l’heure de la dernière image collectée dans l’ensemble d’images (au format « AAAA-MM-JJ HH:MM:SS »).
  • **Total image count: Count of all images in the image set
  • Comptage d’images de mouvement : Le nombre total d’images où l’appareil photo a été déclenché en raison de la chaleur et du mouvement (Par ex., mode de déclenchement = « Détection de mouvement » ou « M ») dans l’ensemble d’images.
  • Task count: Count of the numbers of tasks for this image set. Clicking on the down arrow will show the projects the image set is associated with. This will also display the observer who tagged the task, the number species detected, and the series gap used in the project.
fr test

2.7 Carte

L’onglet carte donne à voir tous les sites de votre organisation qui sont dotés de métadonnées spatiales. Les sites approximatifs sont encerclés et les sites précis sont représentés par un point fixe.

map with buffers

Vous pouvez zoomer sur un site pour mieux le voir. Lorsque vous cliquez sur un site, le nom de celui-ci et la taille du rayon d’approximation s’afficheront.

The map buffer editing screen

Chapitre 3 Projets

Ce chapitre vous présentera les projets.

3.1 Gestion de projet

Les projets sont des groupements systématiques de médias et/ou de métadonnées d’une organisation qui servent à répondre à des questions précises ou à mettre en œuvre un plan d’étude. Un projet est lié à l’un des trois types de capteurs : enregistreurs autonomes, appareils photo ou points d’écoute. Pour chaque type de capteur, un ensemble de tâches (enregistreurs autonomes), un ensemble d’images (appareils photo) ou des dénombrements (points d’écoute) sont traités ou téléversés en vue d’obtenir des données sur les espèces à partir des médias. Le présent chapitre examine de façon détaillée les paramètres de la gestion de projets pour chaque type de capteurs.

Au moins un(e) administrateur(-trice) WildTrax est requis par projet. Les administrateur(-trice)s de projet sont responsables de téléverser les médias, de gérer les utilisateur(-trice)s et leurs tâches, de procéder à la vérification des espèces et de publier les projets. Ce sont les administrateur(-trice)s d’organisations qui créent les projets et les attribuent à un(e) administrateur(-trice) de projet à des fins de gestion. Ces administrateur(-trice)s octroient aussi un accès en lecture seule à des membres de la plateforme et transmettent des rapports de sites à d’autres utilisateur(-trice)s de WildTrax.

Voici le cycle de vie d’un projet:

  • Création d’un projet
  • Ajout d’utilisateur(-trice)s au projet
  • Téléversement des enregistrements
  • Création ou téléversement de tâches
  • Création (traitement) ou téléversement d’étiquettes
  • Vérification et assurance de la qualité des étiquettes
  • Publication du projet

L’interface de traitement et le tableau de bord de chaque projet WildTrax sont adaptés au type de capteur utilisé. Ainsi, vous devez créer un projet en fonction du type de médias ou de données que vous recueillez. Voici les principales étapes de création d’un projet :

  • Créez ou joignez-vous à une organisation. Pour créer un projet, vous devez d’abord créer une organisation ou en devenir l’administrateur(-trice). Le bouton Ajouter un projet ne s’affichera pas dans le tableau de bord de projets avant que cette étape ne soit effectuée.
  • Dans la barre supérieure, sélectionnez « Mes Données », puis « Mes Projets ».
  • Sélectionnez le capteur associé au projet que vous souhaitez créer. Consultez les sections ci-dessous pour en apprendre davantage sur la création et l’administration de chaque type de projet.

fr tabs

Il se peut que vous deviez utiliser les capteurs environnementaux pendant un certain nombre d’années ou pour répondre à des questions précises liées à votre plan d’étude. WildTrax vous permet de créer un nombre illimité de projets à tout moment afin de répondre à ce besoin. Cependant, il arrive que les projets pluriannuels et/ou les projets portant sur des questions précises puissent être regroupés pour rassembler les données et les rendre plus cohérentes. C’est ce que l’outil de regroupement des projets de WildTrax vous permet de faire.

Cliquez sur le menu déroulant à côté du nom du projet dans le tableau de bord et le bouton « Regrouper le projet » deviendra cliquable. Cette fonction vous permet de regrouper un projet source avec un projet cible.

fr merge 2
fr merge 3

Pour supprimer un projet, cliquez sur le menu déroulant à côté de l’icône de crayon dans la liste de projets, puis cliquez sur « Supprimer le projet ».

Seuls les projets sans ensembles d’images et sans tâches peuvent être supprimés. Si vous avez déjà téléversé des données dans votre projet, vous devrez les supprimer avant de pouvoir supprimer le projet.

L’onglet Contrat d’utilisation contient d’autres informations qui concernent votre projet. Si vous devez ajouter de la documentation au projet concernant des ententes de partage des données, cliquez sur « Ajouter un contrat d’utilisation ».

Un formulaire s’affichera également, détaillant plus d’informations sur l’accord d’utilisation avec les champs suivants :

  • Nom du contrat d’utilisation
  • Dates de début et fin
  • Constraintes de données: Sélectionnez l’une des trois options d’étendue spatiale.
  • Informations sur le signataire (nom complet, courriel, organisation)
  • Date de signature

fr contract

L’onglet Carte affiche tous les sites d’un projet qui contiennent des métadonnées spatiales. La visibilité et/ou le rayon approximation d’un site figurent sur la carte en fonction des paramètres de votre projet et des membres de l’organisation.

Map spatial data screen

Un nouveau site est généré dans une organisation lorsque des médias qui contiennent le préfixe du nouveau site sont ajoutés. Les administrateur(-trice)s de l’organisation et les administrateur(-trice)s de projet doivent travailler ensemble pour que:

  • les métadonnées spatiales (latitude et longitude) des sites soient saisies afin que les identificateur(-trice)s et les utilisateur(-trice)s puissent les repérer sur la carte;
  • les photos des visites soient téléversées afin que les identificateur(-trice)s du projet puissent consulter les caractéristiques des habitats du site;
  • la fonction de génération automatique de la visite soit exécutée pour vérifier si les métadonnées de la visite concordent avec les médias; et
  • l’équipement défectueux ayant généré le média défaillant soit réparé.

3.2 Projets de surveillance par enregistreur autonome

**The goal of an ARU project is to upload media, process tasks, verify tags, and publish the results. Projects belong to organizations and use organization media on order to generate and report on a certain set of results designed by the project administrators.

Cliquez sur l’onglet Enregistreur autonome dans le tableau de bord de projets principal et vous pourrez voir les projets auxquels vous avez accès. La liste de projets est déterminée par les permissions de l’organisation, les droits du projet et le statut du projet. Pour trouver un projet en particulier, triez la liste de projets par certaines caractéristiques à l’aide de la fonction de filtrage.

  • Nom du projet
  • Organisation
  • Statut du projet
  • Date d’échéance
  • Nombre total de tâches
  • Nombre total de tâches achevées
fr aru project

**Clicking on the pencil brings you to the Project Settings window.

Vous pouvez aussi cliquez sur le menu déroulant pour en savoir plus sur le projet ou pour soumettre une demande d’accès. Le bouton « Afficher uniquement mes projets » modifie l’affichage par défaut de la liste de projets et vous permet de voir uniquement les projets auxquels vous participez (que vous ayez des droits d’administrateur[-trice] ou de lecture seulement).

Création d’un projet de surveillance par enregistreur autonome

Cliquez sur « Ajouter un projet d’enregistreur autonome ». Le formulaire de paramètres du projet s’ouvre et vous permet d’ajouter les informations suivantes au projet :

  • Titre du projet: le nom d’identification du projet.
  • Organisation: un menu déroulant de toutes les organisations existantes dont vous êtes l’administrateur(-trice). Ce champ vous permet de regrouper l’ensemble de vos projets dans la base de données. Une fois vos projets enregistrés, vous ne pouvez pas modifier l’organisation qui y est associée.
  • Source des données : si vous importez des données d’une source externe (p. ex. données préalablement étiquetées), veuillez préciser la source originale des données.
  • Objectif et méthodes: A short description of the methods used to create this project and goals it hopes to achieve.
  • Année: l’année de la collecte de données.
  • Sommaire des résultats: A short description of the results your project found.
  • Options de project d’enregistreur autonome:
    • Fréquences minimale et maximale par défaut (Hz)
    • Échelle de l’axe x: Length displayed in seconds. Corresponds roughly to 0.25x (60 seconds) to 10x (2 seconds) in length displayed
    • Échelle de l’axe yHeight of the spectrogram in pixels 
    • Monochrome par défaut : Alternative is colour
    • Mode éclairci par défaut: Bouton à bascule. Alternative is darkmode spectrograms
aru project

Once your project settings are completed, you can click Update and move onto the next two steps of the project creation process which include adding species and users.

L’onglet « Attribuer des espèces » contient un ensemble d’outils qui vous permettent de choisir les espèces que vous souhaitez étiquetées dans votre projet. Vous pouvez le faire pour limiter les erreurs (identification incorrecte des espèces) ou pour limiter les espèces que vous souhaitez voir dans la liste déroulante.

Cliquez sur une espèce dans la colonne « Non Inclus » (à gauche). La rangée devient bleue une fois sélectionnée. Cliquez sur la flèche pour ajouter à la liste des éléments inclus dans le projet. Vous pouvez également désélectionner et sélectionner tout dans l’une ou l’autre colonne. Notez qu’une fois dans la vue d’étiquetage, vous ne verrez pas les espèces qui n’ont pas été assignées au projet.

fr attribution

Vous pouvez également ajouter un groupe entier d’espèces à l’aide du groupe prédéfini en cliquant sur le bouton « Appliquer la préselection ». Cliquez sur ce bouton, puis recherchez et sélectionnez le groupe(s) d’espèces que vous souhaitez utiliser. Une fois votre sélection terminée, cliquez sur « Confirmer » et l’espèce sera ajoutée au projet.

pre selection

Si vous avez un groupe prédéfini ou une espèce que vous aimeriez inclure, envoyez un courriel à info@wildtrax.ca pour en faire la demande.

Une fois que les renseignements sur le projet sont enregistrés, vous pouvez ajouter les utilisateur(-trice)s de votre choix au projet. Cliquez sur l’onglet “Utilisateur(-trice)s” pour ajouter et/ou voir les administrateur(-trice)s et les membres ayant un accès en lecture seule.

Les administrateur(-trice)s ont des droits de lecture et de modification des renseignements et des paramètres de projet. Ils et elles peuvent ajouter des utilisateur(-trice)s au projet et affecter des identificateur(-trice)s à des tâches.

Les membres ayant un accès en lecture seule peuvent consulter certains renseignements et paramètres et toutes les tâches du projet. Par contre, ils et elles peuvent seulement modifier les tâches qui leur ont été attribuées.

abmi admin

Une fois le projet créé et la fenêtre fermée, le nouveau projet s’affiche dans la liste de projets de surveillance par enregistreur autonome. Cliquez sur le titre du projet pour ouvrir la page du projet ou cliquez sur l’icône de crayon pour modifier les renseignements, les paramètres ou les utilisateur(-trice)s du projet.

**Users are granted their respective membership levels to an organization’s projects. You don’t need to add an organization member to a project unless you need to grant them administrator privileges and they only have organization read-only.

Un enregistrement est un média de données brutes ou un fichier audio qui sont téléversés dans un projet de surveillance par enregistreur autonome dans WildTrax.

Le cadre wildRtrax prend en charge quatre principaux types de fichiers : wacwav, flac, mp3

  • WAC est un format de fichier propriétaire, compressé sans perte et développé par Wildlife Acoustics.
  • WAV est un format de fichier audio compressé standard et populaire.
  • MP3 est un format de fichier audio compressé qui réduit la précision de certaines composantes du son et en élimine d’autres
  • FLAC est un autre format de fichier audio compressé

**A recording uploaded to WildTrax must also contain two important pieces of information, a location prefix and a timestamp. This allows WildTrax to generate or append the media to the locations stored in the organization as well as tell you when the recording took place.

**When data are uploaded, WildTrax converts and stores the audio as flac and the spectrograms are generated using the raw audio file format.

Une fois les enregistrements choisis pour le traitement, rendez-vous dans le projet correspondant et cliquez sur « Gérer », puis sur “Téléverser les enregistrements au projet”. **The recording upload window will open with settings before you upload your files.

Upload to ARU Project Screenshot

  • Incluez les sous-répertoires à lire si vos médias sont classés selon une hiérarchie.
  • Retirez les zéros après les caractères de séparation afin de respecter la nomenclature claire et normalisée de WildTrax. Cette fonction n’est pas obligatoire, mais elle est fortement conseillée.
  • Les enregistrements téléversés dans WildTrax génèrent automatiquement une tâche. Ainsi, le spectrogramme est généré et la tâche est ajoutée au tableau de bord de projets. Si vous décochez cette case] , l’enregistrement sera téléversé dans WildTrax et stocké dans l’organisation. Consultez la section résumés des médias pour en savoir plus.
  • La méthode par défaut sera appliquée à tous les téléversements d’enregistrements. Dans le formulaire suivant, vous pourrez sélectionner une méthode différente pour chaque enregistrement.
  • **Marking recordings as triggered to differentiate them from schedule-based recordings
  • **Optionally pre-scanning recordings to show sample rate and length during the upload process

Cliquez sur “Choisir un dossier pour téléverser” et sélectionnez le répertoire où se trouvent vos enregistrements. WildTrax déterminera le nombre de fichiers lus, après quoi vous pourrez passer à la prochaine étape.

Upload coordinates fields example

**The next part of the process is entering spatial coordinates to new locations or enter coordinates if locations are missing them. This step in the upload process is optional and you can enter this information later using the Upload and Download Location tool.

Portez attention aux éléments qui suivent lorsque vous téléversez des médias :

  • Si le site n’existe pas encore dans l’organisation, WildTrax le créera.
  • Si l’enregistrement est de plus de 3 secondes plus court que la méthode configurée (p. ex. 56 secondes pour une méthode d’une minute), un message d’erreur s’affichera vous indiquant qu’un enregistrement plus court que la longueur prédéterminée ne devrait pas être téléversé dans WildTrax.

Une fois que vous avez passé le formulaire en revue, cliquez sur “Upload Files in Queue” pour lancer le téléversement. Il est fortement conseillé d’utiliser une connexion filaire stable pour assurer votre connectivité durant toute la durée du téléversement des médias.

Confirm Files to Upload Screen

Gestion d’un projet de surveillance par enregistreur autonome

Les administrateurs peuvent avoir intérêt à ne gérer que les sites des médias du projet. 

  • Cliquez sur Gérer et allez à Téléverser le fichier CSV des sites pour obtenir la liste actuelle des sites dans le projet. Si vous n’avez pas encore de sites, un modèle vous sera fourni ;
  • Apportez les modifications souhaitées au fichier CSV et téléversez-le à nouveau à l’aide de la fonction « Téléverser le fichier CSV des sites ».

Lorsque les enregistrements sont téléversés vers un projet, les nouvelles tâches sont ajoutées au tableau de bord de projets sous “Mes tâches”.

En quoi consiste une tâche? Il s’agit de la combinaison unique d’un(e) utilisateur(-trice), d’une méthode de traitement et d’un enregistrement. Cette grande variété de configurations vous permet de générer des tâches au moyen d’un seul enregistrement, de donner des droits d’accès à plusieurs utilisateur(-trice)s et d’utiliser plusieurs méthodes de traitement.

Rendez-vous au tableau de bord de projets et cliquez sur “Mes tâches” . Le formulaire qui s’ouvre affiche la liste de tâches visibles selon la sélection du bouton à bascule “Afficher uniquement mes tâches”. Faire passer le bouton au rouge vous permet de filtrer la liste pour voir uniquement les tâches qui vous sont attribuées. Les métadonnées de chaque tâche comprennent le nom du site, la date et l’heure de l’enregistrement, la méthode utilisée, le statut de la tâche et l’utilisateur(-trice) attitré(e).

Si vous n’avez pas généré de tâches en téléversant vos enregistrements vers un projet ou si vous utilisez les enregistrements d’une organisation pour créer des tâches, vous pouvez aussi utiliser l’outil “Téléverser les tâches”, que vous trouverez en cliquant sur le bouton “Gérer”, pour générer automatiquement les tâches dont vous avez besoin.  Utilisez le bouton Télécharger les tâches ou le bouton Télécharger le modèle CSV pour télécharger le modèle CSV qui contient les champs suivants :

  • Site : le nom du site.
  • Date/heure d’enregistrement : la date et l’heure où l’enregistrement a été réalisé (AAAA-MM-JJ HH:MM:SS).
  • Méthode : la méthode utilisée pour la tâche.
  • Durée: Durée de l’enregistrement (en secondes)
  • Transcripteur(-trice) : l’utilisateur(-trice) qui a traité ou qui traitera la tâche. Ce champ peut être laissé vide, auquel cas il sera automatiquement rempli de la mention Non attribuée.
  • Statut : le statut de la tâche. Ce champ peut être laissé vide, auquel cas il sera automatiquement rempli de la mention Nouvelle.
  • Pluie : pluie moyenne sur le site de la tâche.
  • Vent : vent moyen sur le site de la tâche.
  • Industries : bruits industriels chroniques sur le site de la tâche
  • Autres bruits : la moyenne des autres bruits à l’emplacement de la tâche.
  • Qualité audio : aperçu de la qualité audio de la tâche.

Si vous avez des centaines ou des milliers de tâches qui n’ont pas d’utilisateur(-trice)s attitré(e)s, vous pouvez utiliser le bouton pour l’attribution aléatoire . Vous pourrez ainsi sélectionner des utilisateur(-trice)s qui figurent dans le menu déroulant à gauche pour leur attribuer des tâches. Cette fonction attribuera de manière aléatoire et équitable les tâches non attribuées aux utilisateur(-trice)s sélectionné(e)s.

Si vous êtes administrateur(-trice) de projet, vous pouvez aussi supprimer les tâches du tableau de bord du projet en cliquant sur le menu déroulant à côté de la tâche à supprimer, puis en cliquant sur “Supprimer la tâche”. Assurez-vous de bien suivre les instructions et les avertissements, car la suppression d’une tâche est permanente et irréversible.

Task Manamagent -- Delete Task Screen

Le bouton Gérer comprend aussi des fonctions qui vous permettent de téléverser et de télécharger les étiquettes d’un projet. Ces fonctions sont utiles si vous avez étiqueté des données acoustiques dans une autre base de données et souhaitez les synchroniser conformément à la norme WildTrax.

Voici les champs du fichier CSV à remplir avant de lancer un téléversement. Si votre projet ne contient pas d’étiquettes, vous devrez d’abord télécharger un modèle.

  • Site : le nom du site
  • Date d’enregistrement et heure : la date et l’heure où l’enregistrement a été réalisé (AAAA-MM-JJ HH:MM:SS).
  • Méthode : la méthode utilisée pour la tâche.
  • Transcripteur(-trice) : l’utilisateur(-trice) qui a traité ou qui traitera la tâche.
  • Espèce : l’espèce identifiée par l’étiquette. Si vous ne connaissez pas le code d’espèce, inscrivez INCO (pour inconnu).
  • Individu : l’individu de l’espère détectée. Par exemple, la première paruline obscure observée serait PAOB 1, et la deuxième PAOB 2.
  • Type de vocalisation : un chant, un cri ou un signal non vocal.
  • Heure de début (en secondes) : l’heure de début de l’étiquette en secondes
  • Longueur (en secondes) : la longueur de l’étiquette. Ce champ est facultatif et peut être laissé vide. WildTrax créera une boîte à partir de la longueur moyenne de l’étiquette pour cette combinaison d’espèce et de vocalisation.
  • Fréquence minimale (kHz) : la fréquence minimale de l’étiquette. Ce champ est aussi facultatif.
  • Fréquence maximale (kHz) : la fréquence maximale de l’étiquette. Ce champ est aussi facultatif.

Cliquez sur le bouton Gérer et sélectionnez “Téléverser les étiquettes””. Dans la fenêtre contextuelle, cliquez sur “Choisissez un fichier CSV à téléverser” pour sélectionner vos données d’étiquettes. Une fois le fichier téléversé, le bouton pour la contrôle de qualité des étiquettes devient vert. Cliquez sur le bouton, et le système procédera à une vérification pour veiller à ce les données téléversées correspondent à la norme WildTrax. Selon la taille de votre fichier, cette opération peut prendre quelques minutes.

3.3 Projets de surveillance par appareil photo

**As a reminder, projects are purposeful groupings of an organization’s media and metadata to answer specific questions or implement a study design. 

**The goal of a camera project is to upload image sets (i.e., tasks), process tasks (i.e., tag species and individuals within images), verify tags, and publish the results. The main interface you will interact with when processing image sets is the camera project dashboard.

Tableau de bord du project d’appareil photo

Vous pouvez accéder au tableau de bord du projet d’appareil photo en cliquant d’abord sur Mes données, puis sur Mes projets.

Cliquez sur l’onglet Caméra dans le tableau de bord de projets principal et vous pourrez voir les projets auxquels vous avez accès. La liste de projets est déterminée par les permissions de l’organisation, les droits du projet et le statut du projet.

Les métadonnées et fonctionnalités de projet suivantes peuvent être consultées ou accessibles sur le tableau de bord du projet de caméra :

  • Organisation: the nom de l’organisation.
  • Nom du projet : le nom complet du projet.
  • Statut du projet: le statut du projet (i.e., “Actif,” “Test,” “Publié – Privé,” “Publié –  Public,” “Publié – Carte + Rapport seulement,” or “Publié – Carte seulement”). Consultez la section 3.5 sur la publication de projets pour en savoir plus.
  • Date d’échéance : la date de fin prévue du traitement. Vos identificateur(-trice)s peuvent s’en servir pour connaître la date d’échéance du traitement des ensembles d’images.
  •  Nombre de tâches : Nombre total de tâches
  • Nombre de tâches terminées : Nombre total de tâches (enregistrements ou série d’images) complètement étiquetées. Notez que le statut de la tâche pour une série d’images peut être « Étiquetage terminé » même si la vérification des espèces n’est pas terminée ;
  • Bouton à bascule “Afficher uniquement mes projets”: Filtre la vue par défaut aux seuls projets dont vous êtes membre (administrateur ou membre en lecture seulement) ;
  • Modifier les paramètres du projet : En cliquant sur l’icône en forme de crayon, vous accédez à la fenêtre des paramètres du projet de l’appareil photographique ;
  • Liste déroulante des détails : vous pouvez également cliquer sur la flèche de la liste déroulante pour obtenir plus de détails sur le projet ou pour demander l’accès aux données du projet.

3.3.1 Créer un projet d’appareil photo

La création d’un nouveau projet d’appareil photo s’effectue en trois étapes :

  1. Créer un nouveau projet et sélectionner les paramètres du projet de caméra (voir section 3.3.2.1 – Paramètres du projet d’appareil photo). 
  2. Attribuer des espèces au projet
  3. Atttribuer des utilisateurs(-trices) au projet

Pour créer un nouveau projet, cliquez sur le bouton « Ajouter un projet de surveillance par appareil photo » dans le tableau de bord de projets dans l’onglet Caméra. Vous devez avoir les droits d’administrateur(-trice) d’au moins une organisation dans WildTrax pour créer un projet.

La fenêtre des paramètres du projet d’appareil photo s’affiche lorsque vous cliquez sur le bouton « Ajouter un projet de surveillance par appareil photo » ou sur l’icône représentant un crayon à droite d’un projet dans le tableau de bord du projet d’appareil photo.

fr create camera project

Paramètres du project d’appareil photo

Les paramètres d’appareil photo suivants peuvent être ajoutés aux nouveaux projets :

  • Titre du projet : Nom complet utilisé pour identifier le projet tel que défini par l’administrateur(-trice).
  • Organisation : Nom de l’organisation. Il s’agit d’une liste déroulante de toutes les organisations existantes dont vous êtes administrateur(-trice). Ce champ vous permet de regrouper tous vos projets dans la base de données ; une fois votre projet enregistré, vous ne pourrez plus modifier l’organisation à laquelle il appartient.
  • Date d’échéance : Date prévue pour la fin du traitement. Les identificateur(trice)s peuvent s’en servir comme guide pour déterminer la date à laquelle leurs ensembles d’images doivent être traitées.
  • Source des données : Champ utilisé pour spécifier la source originale des données ; ce champ doit être saisi si vous importez des données d’une source externe (par exemple, des données précédemment balisées).
  • Objectif et méthodes : Description de l’objet, des buts, des objectifs et des méthodes de votre projet.
  • Synthèse des résultats : Synthèse des données et des résultats obtenus dans le cadre du projet (le cas échéant).
  • Options du champ d’étiquetage : Paramètres permettant aux utilisateurs(-trices) de personnaliser les formulaires d’étiquetage afin d’y inclure les champs les plus pertinents pour leur projet.
options du champ detiquetage

Paramètres de prétraitement du project d’appareil photo permettent aux utilisateur(-trice)s de gérer les outils de prétraitement qui seront exécutés sur leurs ensembles d’images. Par défaut, aucune sélection n’est effectuée. Les paramètres suivants peuvant être activés :

  • Identification automatique : Paramètres définis au niveau du projet pour indiquer les catégories de classificateurs pour lesquelles l’outil d’identification automatique (un outil d’IA qui utilise une combinaison de MegaDetector,[1] MegaClassifier v0.1,1* de Microsoft et l’IA WildTrax) sera automatiquement appliqué lorsque de nouveaux ensembles d’images sont téléchargés vers un projet, et si les catégories sélectionnées doivent être automatiquement cachées du visionnage dans la page d’étiquetage de l’image. Les options actuelles sont les suivantes : AUCUN (c’est-à-dire faux-feux), Humain, Véhicule, PERSONNEL/CONFIGURATION et MegaClassifier v0.1.1.1* Notez que le flou de l’image humaine est un paramètre qui se trouve dans les réglages de l’organisation.
    •  PERSONNEL/CONFIGURATION : Paramètre d’étiquetage automatique utilisé pour sélectionner l’application de l’étiquette PERSONNEL/CONFIGURATION, qui traitera automatiquement les images d’êtres humains apparaissant dans la première ou la dernière série comme PERSONNEL/CONFIGURATION (en utilisant un écart de 5 minutes entre les séries), sauf s’il y a moins de deux images identifiées automatiquement comme humaines, ou si l’étiquette PERSONNEL/CONFIGURATION a déjà été appliqué.
    • MegaClassifier v0.1: Paramètre d’identification automatique utilisé pour sélectionner l’application de la version préliminaire (test) de MegaClassifier1* automatiquement aux ensembles d’images.
  • Délai entre les images : Délai par défaut (en secondes) entre deux images consécutives qui définit un événement de détection indépendant (ou « série »). Ce paramètre affecte la manière dont les images sont affichées dans le « visionnage de la série ». Par exemple, supposons que l’écart entre les séries soit de 120 secondes (valeur par défaut). Lorsqu’un animal ou un objet déclenche l’appareil de photos, toutes les images prises dans les 120 secondes suivant l’image précédente sont considérées comme une seule et même série (et ce, jusqu’à ce que plus de 120 secondes s’écoulent sans événement déclencheur). Les utilisateur(-trice)s peuvent modifier l’écart entre les séries à tout moment.
  • Affichage des images en accéléré : Paramètre utilisé pour indiquer si les images en accéléré seront affichées par défaut ; ce paramètre peut être activé ou désactivé dans les séries d’images lors d’étiquetage.
  • Seuil d’affichage par défaut du cadre d’objet : Niveau de confiance minimal par défaut du classificateur pour lequel les cadres d’objet seront affichés pour les catégories de détection sélectionnées. Il est recommandé d’utiliser un niveau de 30 à 50 %.
  • Statut du projet : Statut du projet (c’est-à-dire « Actif », « Test », « Publié – privé », « Publié – public », « Publié – carte et rapport seulement » ou « Publié – carte uniquement »). En savoir plus sur la publication de projets.

1 Beery S, Morris D. & Yang S (2019). Efficient pipeline for camera trap image review. arXiv:1907.06772. http://github.com/ecologize/CameraTraps. https://doi.org/10.48550/arXiv.1907.06772

pretreatment

Ajout d’utilisateur(-trice)s au projet

Une fois le projet créé et la fenêtre fermée, le nouveau projet s’affiche dans la liste de projets de surveillance par appareil photo. Cliquez sur le titre du projet pour ouvrir la page du projet ou cliquez sur l’icône de crayon pour modifier les renseignements, les paramètres ou les utilisateur(-trice)s du projet.

  • Les administrateur(-trice)s ont des droits de lecture et de modification des renseignements et des paramètres de projet. Ils et elles peuvent ajouter des utilisateur(-trice)s au projet et attribuer des identificateur(-trice)s aux tâches.
  • Les membres ayant un accès en lecture seule peuvent consulter certains renseignements et paramètres et toutes les tâches du projet. Par contre, ils et elles peuvent seulement modifier les tâches qui leur ont été attribuées.

Une fois le projet créé et la fenêtre fermée, le nouveau projet s’affiche dans la liste de projets de surveillance par appareil photo. Cliquez sur le titre du projet pour ouvrir la page du projet ou cliquez sur l’icône de crayon pour modifier les renseignements, les paramètres ou les utilisateur(-trice)s du projet.

Les utilisateurs se voient attribuer leurs niveaux d’adhésion respectifs aux projets d’une organisation. Il n’est pas nécessaire d’ajouter un membre de l’organisation à un projet, sauf si vous devez lui accorder des privilèges d’administrateur et qu’il n’a que des membres en lecture seule de l’organisation.

Attribution d’espèces

Une fois que les utilisateur(-trice)s du projet ont été enregistrés, vous pourrez ajouter/gérer des espèces de projet. L’onglet  « Attribuer des espèces » contient un ensemble d’outils qui vous permettent de choisir les espèces que vous souhaitez étiquetés dans votre projet. Vous pouvez le faire pour limiter les erreurs (identification incorrecte des espèces) ou pour limiter les espèces que vous souhaitez voir dans la liste déroulante. Notez qu’une fois dans la vue d’étiquetage, vous ne verrez pas les espèces qui n’ont pas été assignées au projet.

attribution despeces

Pour ajouter des espèces à votre projet :

  1. Cliquez sur l’onglet « Attribuer des espèces » pour visualiser, ajouter ou modifier des espèces de projet (si le système ne le demande pas automatiquement) ;
  2. Cliquez sur une espèce dans la colonne « Non Inclus » (à gauche). La rangée devient bleue une fois sélectionnée.
  3. Vous pouvez alors, soit :
    • Cliquer sur arrow to the rightpour ajouter à la liste des éléments inclus dans le projet. Vous pouvez également désélectionner et sélectionner tout dans l’une ou l’autre colonne. Vous pouvez supprimer une espèce de la liste des espèces incluses dans le projet à l’aide de la fonction arrow to the left. Cependant, une fois qu’une espèce a été étiquetée dans le projet, l’interface « Attribuer des espèces » verrouille automatiquement la rangée, ce qui vous empêche de supprimer l’espèce du projet ;
    • Vous pouvez également ajouter un groupe entier d’espèces à l’aide du groupe prédéfini en cliquant sur le bouton « Appliquer la présélection ». Cliquez sur ce bouton, puis recherchez et sélectionnez le groupe(s) d’espèces que vous souhaitez utiliser.
  4. Une fois votre sélection terminée, cliquez sur « Confirmer » et l’espèce sera ajoutée au projet.
fr preselects

Si vous avez un groupe prédéfini ou une espèce que vous aimeriez inclure, envoyez un courriel à info@wildtrax.ca pour en faire la demande.

3.3.2 Téléversement des séries d’images

Les données images peuvent être téléversées sous forme d’ensembles d’images ou d’ensembles de données sans support (données tabulaires). Cette section décrit comment téléverser des images en tant qu’ensembles d’images ; veuillez vous reporter à la section pour obtenir des informations sur la manière de téléverser des ensembles de données sans support (données tabulaires) dans WildTrax.

Dans chaque page de projet, les tâches sont créées en téléversant des séries d’images collectées à partir d’appareils photo à distance, en téléversant des séries d’images individuelles ou par « lots » de plusieurs séries d’images (téléversement par lots).

Noms de dossier et de fichier

Avant le téléversement, les séries d’images doivent être organisées en dossiers sur un ordinateur ou un disque dur, chaque dossier portant un nom correspondant à l’emplacement unique où la série d’images a été collectée. Le nom du dossier apparaîtra dans la liste des tâches une fois le téléversement terminé. S’il existe plusieurs périodes de déploiement pour un lieu, l’utilisateur peut souhaiter conserver cette hiérarchie en plaçant ces multiples déploiements (séries d’images) dans un dossier global. Ce qui importe pour le processus de téléversement, c’est que les séries d’images soient organisées dans des dossiers de haut niveau en fonction de la manière dont vous souhaitez voir les données structurées pour le traitement (si vous téléversez plus d’une série d’images [« téléversement par lots »]), nommez les dossiers de manière appropriée et sélectionnez le « niveau dans la structure du dossier de téléversement » correspondant à la structure de vos données.

Les noms d’emplacement ne doivent pas comporter d’espaces, mais certains caractères spéciaux sont autorisés (par exemple, les caractères – . _ @ sont pris en charge, par exemple 2234-SW ; CAL-1_A, mais les espaces et les traits d’union ne le sont pas). Les zéros non significatifs ne sont pas recommandés.

Il n’est pas nécessaire de modifier les noms des fichiers images car ils sont triés par date/heure dans WildTrax et sont attribués à l’emplacement qui est spécifié par le nom du dossier sélectionné dans la hiérarchie.

Télécharger des séries d’images

Pour téléverser des séries d’images :

Cliquez sur le bouton « Gérer » puis sur « Téléverser des images dans le project » pour commencer.

fr folder

Sélectionnez le numéro approprié pour « Niveau dans la structure du dossier de téléversement » selon que vous téléversez une seule ou plusieurs séries d’images.

  • Le « niveau dans la structure des dossiers de téléversement » correspond au niveau des dossiers d’emplacement par rapport au dossier de lot. Comptez du dossier supérieur (dossier de lot) au niveau inférieur (dossiers d’emplacement). Les noms des dossiers du niveau inférieur seront utilisés comme noms d’emplacement. Les images des dossiers situés en dessous de ce niveau seront divisées en ensembles d’images distincts ;
  • Si vous téléversez à partir d’une seule série d’images, laissez le paramètre « Niveau dans la structure du dossier de téléversement » sur 1, cliquez sur « Choisissez un dossier à téléverser » pour sélectionner des séries d’images sur votre ordinateur ou votre disque dur, et sélectionnez le dossier correspondant au nom de l’emplacement ;
  • Si vous téléversez plusieurs séries d’images intégrées au sein d’un autre dossier, comme une année, ajustez le « Niveau de la structure du dossier de téléversement » en conséquence. Par exemple, si les emplacements sont intégrés dans un dossier d’année, modifiez le niveau de base à 2, cliquez sur « Choisir un dossier à téléverser » et sélectionnez le dossier qui se trouve un niveau au-dessus des dossiers contenant vos séries d’images ;

Le paramètre « Exclure les ensembles d’images existants » peut être appliqué pour accélérer le temps de téléversement global en ignorant les emplacements (noms de dossiers) qui existent déjà. Utilisez ce paramètre si un certain nombre d’emplacements du dossier de téléversement ont déjà été téléversés dans le projet (et si vous êtes certain que ces séries d’images ont été entièrement téléversées). Cliquez sur « Téléverser » ;

Les fichiers seront téléversés en arrière-plan et une coche apparaîtra à côté des dossiers téléversés avec succès. Si des images ont été ignorées, vous pouvez les téléverser à nouveau en cliquant sur « Téléverser les images qui ont échoué ».

Une fois les ensembles d’images téléversés, ils s’affichent dans la liste de sites. À cette étape, le statut des tâches sera soit Prêt pour l’étiquetage, soit Prêt pour l’identification automatique, selon vos paramètres de projet. La liste de tâches peut être filtrée par nom de site, date de début, numéro de capture de mouvement, numéro d’identification, statut et identificateur(-trice) attribué(e).

3.3.3 Gestion des projets de surveillance par appareil photo

Gestion des sites

Les administrateurs peuvent avoir intérêt à ne gérer que les sites des médias du projet.

  1. Cliquez sur Gérer et allez à « Téléverser le fichier CSV des sites » pour obtenir la liste actuelle des sites dans le projet. Si vous n’avez pas encore de sites, un modèle vous sera fourni ;
  2. Apportez les modifications souhaitées au fichier CSV et téléversez-le à nouveau à l’aide de la fonction « Téléverser le fichier CSV des sites ».

Gestion des tâches

Une tâche de projet d’appareil photo est une combinaison unique d’un ensemble d’images et d’un observateur, dans ce cas un membre du projet WildTrax.

Lorsque des séries d’images sont téléversées dans un projet, de nouvelles « tâches » sont générées à partir des séries d’images et sont ajoutées au tableau de bord du projet.

Les tâches listées dans le tableau de bord du projet dépendent de l’inverseur “Afficher uniquement mes tâches”

Le passage au rouge “Afficher uniquement mes tâches” permet de filtrer l’affichage par défaut pour n’afficher que les tâches qui vous sont attribuées, au lieu de visualiser toutes les tâches d’un projet. Les métadonnées de chaque tâche comprennent l’emplacement, la date de début de la série d’images, le nombre d’images animées, le nombre d’images marquées, le statut de la tâche et l’observateur assigné ou « observateur » (voir la section 5.2.1.1 – Métadonnées de la série d’images pour plus de détails).

Statut de la tâche de l’appareil photo

Le statut de la tâche de la caméra est l’état de traitement de la tâche du projet de la caméra (jeu d’images) (c’est-à-dire « Téléversement », « Préparation », « Traitement », « Prêt pour l’étiquetage » ou  » Étiquetage terminé »). Les statuts diffèrent selon le type de capteur.

  • Téléversement : l’ensemble d’aimges est téléversé vers le serveur
  • Traitement : le cas échéant, l’auto-identification est appliqué à l’ensemble d’images renvoyant les résultats NONE [Aucun(e)] (c’est-à-dire faux-feux), Véhicules, Humains, Animaux ou Espèces dans le MegaClassifier v0.1.
  • Préparation : les étiquettes PERSONNEL/CONFIGURATION et l’effet de floutage des personnes sont appliqués à l’ensemble d’images, ce qui renvoie des images brouillées d’humain(e)s et des images filtrées du déploiement et de la récupération de l’appareil photo.
  • Prêt pour l’étiquetage : l’ensemble d’images est prêt à être étiqueté. Il s’agit du statut de l’ensemble d’images après les phases de traitement et de préparation si vous avez sélectionné l’option des fonctions d’identification automatique dans votre projet
  • Étiquetage terminé : une fois toutes les images étiquetées et la vérification du champ d’observation de l’appareil photo effectué, le statut d’une tâche peut être « Étiquetage terminé » même si la vérification des espèces n’a pas eu lieu.

Attribution d’identificateur(-trice)s

La fonction d’identificateur(-trice) peut être attribuée aléatoirement ou manuellement par les administrateur(-trice)s de projet ou de l’organisation. Si vous optez pour l’attribution aléatoire, les tâches seront distribuées de manière équitable à tous les identificateur(-trice)s sélectionné(e)s. Lorsque vous affectez un(e) identificateur(-trice) à une tâche, vous ne verrez que les utilisateur(-trice)s ajouté(e)s dans le projet dans la liste de sélection (voir la section Ajout d’utilisateur[-trice]s au projet). Les administrateur(-trice)s de projet peuvent aussi se désigner comme identificateur(-trice)s.

Supprimer des tâches

Vous pouvez aisément supprimer des tâches, quel que soit leur statut. Pour supprimer une tâche, cliquez sur le menu déroulant situé à côté de l’icône de crayon dans la liste d’ensembles d’images, puis cliquez sur le bouton « Supprimer ».

fr tasks

Une fenêtre comportant les informations de la tâche s’affiche et vous devez confirmer que vous souhaitez bien supprimer la tâche.

En supprimant une tâche, vous supprimez l’ensemble d’images du nuage ainsi que les étiquettes qui y sont associées dans la base de données. Il est impossible de revenir en arrière.

CAM delete task FR 2023 09 01

3.3.4 Gestion des étiquettes

Le bouton « Gérer » comprend aussi des fonctions qui vous permettent de téléverser et de télécharger les étiquettes d’un projet. Ces fonctions sont utiles si vous avez étiqueté des données d’image dans une autre base de données et souhaitez les synchroniser conformément à la norme WildTrax.

Vous pouvez également téléverser des ensembles de données sans support (par exemple, des CSV contenant des informations balisées traitées à l’aide d’un autre logiciel ou d’une autre plate-forme) dans WildTrax afin de centraliser vos données. Ceci est particulièrement utile si vous avez des problèmes avec le téléversement de médias (par exemple, pour des raisons de confidentialité). Pour synchroniser les données, un modèle peut être téléversé à partir du bouton.

Voici les champs CSV qui peuvent être inclus lors de la synchronisation des étiquettes ou du téléversement de données sans support :

  • Site: le nom du site
  • Numéro de série de l’équipement : le numéro de série du capteur (p. ex., « H600HJ12269118 »)
  • Nom du fichier source: le nom original du fichier multimédia téléversé sur WildTrax
  • Date/heure de l’image : la date et l’heure à laquelle l’image a été enregistrée (AAAA-MM-JJ).
  • Nom commun de l’espèce: le nom commun de l’espèce observé dans l’image ou le point d’écoute
  • Sexe: le sexe de l’animal identifié.
  • Âge: l’âge de l’animal identifié.
  • Nombre: le nombre d’individus identifiés.
  • À réviser: un champ qui sert à indiquer si l’étiquette doit être révisée.
  • Vérifiée: un champ qui sert à indiquer si l’étiquette a été vérifiée par un(e) autre observateur(-trice).

3.4 Projets de surveillance par points d’écoute

Cette section du guide présente un aperçu pour vous aider à intégrer vos données de points d’écoute dans WildTrax. Le Projet de modélisation aviaire boréal offre des services pour vous aider à adapter vos données à cette norme. Communiquez avec l’équipe de ce projet pour obtenir de plus amples renseignements.

Création d’un projet de surveillance par points d’écoute

Pour créer un nouveau projet, cliquez sur le bouton « Ajouter un projet de point d’écoute » dans le tableau de bord de projets à partir de l’onglet Points d’écoute. Vous devez avoir les droits d’administrateur(-trice) d’au moins une organisation dans WildTrax pour créer un projet. La fenêtre de paramètres principaux comprend des champs d’information générale et une description du projet.

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  • Titre de projet : le nom complet du projet déterminé par l’utilisateur(-trice).
  • Organisation : un menu déroulant de toutes les organisations existantes dont vous êtes l’administrateur(-trice). Ce champ vous permet de regrouper l’ensemble de vos projets dans la base de données. Une fois vos projets enregistrés, vous ne pourrez pas modifier l’organisation qui y est associée.
  • Source des données : si vous importez des données d’une source externe (p. ex. données préalablement étiquetées), veuillez préciser la source originale des données.
  • Objectif et méthodes : description de l’objet, des buts, des objectifs et des méthodes de votre projet.
  • Synthèse des résultats : synthèse des données et des résultats obtenus dans le cadre du projet (le cas échéant).
  • Statut du projet : le statut du projet (i.e., “Actif,” “Test,” “Publié – Privé,” “Publié –  Public,” “Publié – Carte + Rapport seulement,” or “Publié – Carte seulement”).

Une fois les informations du projet enregistrées, vous serez en mesure d’ajouter des utilisateur(-trice)s. Sélectionnez l’onglet « L’affectation de l’utilisateur(-trice)s » pour ajouter des utilisateur(-trice)s WildTrax à votre organisation en tant qu’administrateur(-trice)s ou que membre ayant un accès en lecture seule.

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Téléversement des données de points d’écoute

Vous pouvez téléverser vos données obtenues par dénombrement ponctuel dans un projet WildTrax. Voici les champs du fichier CSV à remplir avant de lancer un téléversement.

  • Site: le nom du site.
  • Date et heure du relevée l’évaluation: la date et l’heure où le relevé l’évaluation a été effectuée (AAAA-MM-JJ).
  • Méthode de la durée: la combinaison unique des intervalles de temps utilisés pour chaque dénombrement. Un dénombrement est caractérisé par un ou plusieurs intervalles (p. ex. 0-10 ou 0-3, 3-5, 5-10) calculés en minutes. Consultez la section sur les données de points d’écoute pour en savoir plus.
  • Méthode de la distance: le code attribué à la combinaison unique de bandes de distance. Il peut y avoir une à plusieurs bandes de distance (p. ex.  0-50 ou 0-50,50-100,100-150) et elles sont mesurées en mètres depuis le point d’écoute où se trouve l’observateur(-trice). Consultez la section sur les données de points d’écoute pour en savoir plus.
  • Observateur(-trice): l’observateur(-trice) qui a effectué le dénombrement.
  • Espèce: l’espèce identifiée lors de l’observation. Un code WildTrax de quatre lettres, inspiré par le modèle de codification utilisé par l’American Ornithological Society (AOS), le nom commun en français et les noms latins sont des options acceptées.
  • Bande de distance: la bande où l’espèce a été observée. Consultez la section sur les données de points d’écoute pour en savoir plus.
  • Intervalle de temps: l’intervalle de temps durant lequel l’espèce a été observée. Consultez la section sur les données de points d’écoute pour en savoir plus.
  • Abondance : l’abondance des individus observés.
  • Vu?: était-ce une observation visuelle?
  • Entendu?: était-ce une observation acoustique?
  • Commentaires: tout commentaire important sur l’observation.

Cliquez sur le bouton « Gérer » et sélectionnez « Téléverser les dénombrements ». Dans la fenêtre contextuelle qui s’affiche, cliquez sur « Choisissez un fichier CSV à téléverser » pour sélectionner vos données de dénombrement. Une fois le fichier téléversé, le bouton « QA Project Data » devient vert. Cliquez sur le bouton, et le système procédera à une vérification pour que les données téléversées correspondent à la norme WildTrax. Selon la taille de votre fichier, cette opération peut prendre plusieurs minutes.

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Comme pour le téléversement de données provenant d’enregistreurs autonomes et d’appareils photo, le téléversement de données de points d’écoute crée aussi de manière implicite des sites qui n’existent pas encore dans l’organisation. Si un site nouvellement créé porte le même nom qu’un site qui existe déjà, le système y ajoutera automatiquement les métadonnées spatiales. Au besoin, vous pourrez regrouper les sites ultérieurement. En outre, puisque les dénombrements sont habituellement réalisés en une seule visite, vous pouvez aisément la générer automatiquement dans l’organisation.

3.5 Publication des projets

Lorsque le projet est terminé et que toutes les données sont traitées, le statut du projet peut être changé à Publié. La publication du projet permet aux utilisateur(-trice)s de WildTrax qui ne sont pas membres du projet d’accéder aux médias, aux métadonnées ou aux détections d’espèces du projet grâce aux fonctions Télécharger des données et Découvrir des données. Le statut de publication détermine quelles données sont visibles dans le système. La visibilité du site et les permissions du projet déterminent également les données qui apparaissent. La publication du projet empêche les utilisateur(-trice)s de modifier les détections d’espèces; il s’agit de la version finale des données. Notez qu’il est possible de modifier le statut d’un projet à tout moment.

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Statut du projet

Voici quelques descriptions détaillées de chaque statut de projet.

Publié

Au statut Publié – Privé, les données du projet ne sont accessibles qu’aux membres du projet. Les utilisateur(-trice)s doivent demander un accès au projet pour en consulter les informations, par exemple les espèces ou les sites.

Carte seulement, les données du projet sont accessibles à partir de la page Découvrir des données, mais les médias et les rapports ne peuvent être consultés par les utilisateur(-trice)s qui ne sont pas membres du projet. Si vous n’êtes pas membre du projet ou de l’organisation, les paramètres d’approximation et de visibilité des sites s’appliquent.

Au statut Publié – Carte + Rapport seulement, les données du projet sont accessibles à l’ensemble des utilisateur(-trice)s de WildTrax à partir des pages Télécharger des données et Découvrir des données. Toutefois, les médias ne sont pas accessibles. Utilisez ce paramètre si vous souhaitez rendre vos données publiques, mais que vous avez des réserves liées à la confidentialité de vos médias. Si vous n’êtes pas membre d’un projet ou d’une organisation, les paramètres d’approximation et de visibilité des sites s’appliquent.

Remarque : Ce statut n’existe pas pour les points d’écoute, car ce type de capteur ne contient aucun média.

Au statut Publié – Public, les données et les informations du projet sont accessibles à l’ensemble des utilisateur(-trice)s de WildTrax à partir des pages Télécharger des données et Découvrir des données. Si vous n’êtes pas membre d’un projet ou d’une organisation, les paramètres d’approximation et de visibilité des sites s’appliquent.

Non publié

Un projet actif est en cours de traitement ou de conception, ou est aux étapes préliminaires de téléversement des données. Ce statut peut être sélectionné pour un usage général ou pour un projet sur lequel des membres sont en train de travailler. C’est le statut de projet par défaut lorsqu’un projet est créé.

Vous commencez tout juste à utiliser un programme de capteur environnemental? Vous souhaitez téléverser des médias pour tester les fonctionnalités de WildTrax? Utilisez le statut Test. Les données du projet ne seront pas visibles à partir des pages Télécharger des données ou Découvrir des données, sauf pour les membres du projet.

Chapitre 4 Données acoustiques

Les enregistreurs autonomes sont des capteurs qui servent à la collecte automatisée d’enregistrements acoustiques sur de longues périodes, ce qui permet d’accumuler de grandes quantités de données utiles.

Ce chapitre décrit la façon de traiter des données acoustiques. Si vous venez juste de commencer à utiliser WildTrax ou que vous n’avez pas encore téléversé de données acoustiques sur la plateforme, nous vous recommandons dans un premier temps de lire les chapitres qui portent sur les organisations et les projets.

4.1 Concepts

Les enregistrements acoustiques sont réalisés en échantillonnant les ondes de pression sonores de l’environnement. Le taux d’échantillonnage (le nombre d’échantillons prélevés par seconde) et la profondeur de bits (le degré de quantification des mesures de pression) sont deux valeurs importantes à considérer lors de la réalisation d’enregistrements sonores. Les formes d’onde, c’est-à-dire la forme du signal acoustique total au fil du temps, sont difficiles à interpréter.

Ces formes d’onde peuvent être transformées en spectrogrammes grâce à des algorithmes tels que la transformée de Fourier à court terme (TFCT) afin de rendre les données acoustiques plus intelligibles pour les humain(e)s ou les logiciels. Les spectrogrammes fournissent des modèles plus faciles à utiliser pour reconnaître un signal acoustique et le convertir en données biologiques, telles que des vocalisations animales.

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Forme d’onde d’un enregistrement audio
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Spectrogramme du même enregistrement

Les animaux utilisent des signaux acoustiques pour communiquer des messages dans le but d’attirer des partenaires potentiels, de défendre leur territoire, de repérer leurs congénères ou d’envoyer des signaux d’alarme. Les signaux acoustiques sont des mesures importantes utilisées par les biologistes et les scientifiques pour étudier les populations animales, les assemblages communautaires ou la valeur adaptative des individus. La collecte de signaux sonores fournit également un jeu de données permanent, impartial, analysable et reproductible pour les chercheur(-euse)s, contrairement aux données de points d’écoute.

Méthode d’échantillonnage

Les enregistreurs autonomes peuvent être déployés sur un site pendant des périodes prolongées, ce qui offre un certain nombre d’avantages aux utilisateur(-trice)s qui traitent des données acoustiques et aux administrateur(-trice)s de projet qui souhaitent optimiser leur plan d’étude. Si vous venez de commencer à utiliser les enregistreurs autonomes, sachez que les recommandations de WildTrax sur la façon optimale de traiter des données acoustiques sont basées sur les analyses, les rapports et les publications qui figurent sur la page Ressources.

  • La durée du déploiement d’un enregistreur autonome sur un site et la quantité de données traitées dépendent de votre objectif. Par conséquent, il n’y a pas de solution universelle pour optimiser le processus d’identification d’espèces ou les résultats de vos recherches. Par ailleurs, si vous travaillez sur les amphibiens, les hiboux, les espèces nocturnes (pour ne nommer que ceux-là), les pratiques de visites de sites ne sont pas les mêmes.
  • Pour les oiseaux chanteurs, des recherches ont montré que des prises courtes (p. ex. d’une minute) augmentent le taux de détection et permettent de traiter un plus grand nombre d’enregistrements réalisés sur plusieurs jours. Cela signifie que vous détecterez plus d’espèces en moins de temps. Par contre, cette méthodologie comporte des inconvénients par rapport à d’autres approches. Par exemple, les méthodes d’une minute ont un taux de détections erronées par visite plus élevé. Mais de façon cumulative, elles offrent un meilleur taux de détection global que les méthodes équivalentes (dix points d’écoute d’une minute sont mieux qu’un point d’écoute de dix minutes). Plus de travaux sont nécessaires pour comprendre les enjeux liés à l’utilisation d’estimations du taux d’occupation sur de courtes et de longues périodes d’échantillonnage à un point d’écoute.
  • Il n’y a pas de recommandations précises sur la durée optimale d’un enregistrement (3, 5, 10 minutes, etc.) aux fins de traitement. Par contre, pour les enregistrements à longs intervalles, il est fortement recommandé de les écouter par blocs d’une minute. Cette méthode offre une grande flexibilité et rend le traitement plus efficace. La possibilité d’estimer des paramètres tels que le taux de chant à l’aide de la méthode d’étiquettes illimitées augmente l’utilité des données et permet de mesurer avec plus de précision un grand éventail de variables d’état (p. ex. taux vocalisation, présence, densité).
  • L’utilisation d’enregistrements réalisés lors d’une seule journée ne semble pas être la meilleure façon d’estimer le taux d’occupation ou d’évaluer la probabilité de présence des animaux. Faire fonctionner un enregistreur autonome sur un site pendant plusieurs jours d’affilée semble être une solution mitoyenne pour détecter des espèces dont le territoire est à proximité tout en augmentant la probabilité de détecter des espèces rares ayant un domaine vital plus vaste et qui se trouvent à proximité d’un enregistreur autonome de façon périodique. Il est moins avantageux de laisser un enregistreur autonome sur un site, car il faut le visiter plus souvent.

Tâches

Pour traiter des données, une tâche doit être générée et attribuée à un(e) utilisateur(-trice) de WildTrax. Une tâche est la combinaison unique d’un enregistrement acoustique, d’une méthode de traitement et d’un(e) observateur(-trice), c.-à-d., un(e) membre d’un projet WildTrax à qui l’enregistrement a été attribué(e) à des fins de traitement. WildTrax permet de traiter des enregistrements acoustiques avec plusieurs méthodes et utilisateur(-trice)s. Pour vous prévaloir de cette option, communiquez avec le Soutien WildTrax.

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Équipement recommandé

L’équipement suivant est recommandé pour le traitement des données acoustiques. L’utilisation de l’équipement approprié améliorera votre expérience et la qualité des données avec lesquelles vous travaillez dans WildTrax.

  • Ordinateur ayant un écran d’une taille minimale de 15 pouces avec une connexion Internet haute vitesse stable.
  • Casque d’écoute avec les spécifications suivantes :
    • stéréo;
    • circum-auriculaire (qui recouvre complètement l’oreille);
    • réponse de fréquence minimale : 20 – 20 000 Hz;
    • pas d’amplification des basses (réponse en fréquence uniforme).

Écrivez à Info WildTrax pour obtenir plus d’informations sur les spécifications de casque d’écoute.

4.2 Page d’identification acoustique

Cette section présente une analyse détaillée des fonctions et outils offerts sur chaque page d’identification acoustique. Passez à la section sur les méthodes si vous souhaitez obtenir de plus amples renseignements sur les méthodes d’étiquetage utilisées pour identifier des espèces.

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La page d’identification acoustique comporte trois éléments principaux :

  • Interface du spectrogramme: interface permettant d’identifier les espèces à l’aide des différentes méthodes décrites plus bas. Vous pouvez interagir avec le spectrogramme à l’aide de raccourcis clavier.
  • Sons enregistrés: liste à jour de l’historique de détection des espèces et des individus identifiés dans l’enregistrement.
  • Barre de navigation: barre permettant de revenir à la page de votre projet à l’aide du fil d’Ariane, de voir l’organisation, le site, la date, l’heure et le statut de la tâche sur laquelle vous travaillez, et de consulter les conditions météorologiques.

Un spectrogramme est une représentation visuelle de l’énergie acoustique d’un enregistrement créée à l’aide d’une transformée de Fourier à court terme (STFT). L’axe des abscisses correspond au temps, l’axe des ordonnées à la fréquence, et l’axe z (ou la noirceur du signal) correspond à l’amplitude. Dans WildTrax, les spectrogrammes sont générés au moyen d’un logiciel de ligne de commande appelé SoX. Les formats de fichiers audio sont calibrés pour créer les plus « beaux » spectrogrammes possible.

La page d’identification acoustique se divise en onglets (jusqu’à quatre onglets différents selon les métadonnées associées à l’enregistrement).

4.2.1 Commandes du spectrogramme et les paramètres audio

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Dans WildTrax, les commandes d’édition audio sont accessibles au moyen de raccourcis clavier, ce qui permet aux utilisateur(-trice)s de travailler aisément dans une tâche. Placez votre curseur sur le panneau en haut du spectrogramme si vous oubliez les commandes à votre disposition.

  • Z: reculer de 10 secondes
  • M: avancer de 10 secondes
  • B: modifier l’affichage des boîtes
  • T: modifier l’affichage des espèces | texte individuel
  • L: afficher ou masquer les étiquettes sur le canal de gauche
  • R: afficher ou masquer les étiquettes sur le canal de droite
  • Flèche gauche: repère précédent
  • Flèche droite: repère suivant
  • Flèche vers le haut: aller au premier repère
  • Flèche vers le bas: aller au dernier repère
  • Barre d’espacement: pause/lecture
  • Touche de tabulation (Tab): se déplacer entre les champs
  • Touche majuscule (Maj): créer un repère
  • Entrée: sélectionner dans un champ

**You can dynamically set the audio settings which control the spectrogram and audio parameters of the recording for the task. These settings are set by default at the project level by an administrator but you can change them at any time while processing a task. You can set the audio settings by either clicking on the gear icon below the spectrogram or going to Manage > Audio Settings above and to the right of the spectrogram. When you have your desired settings, click Apply or Reset to the project defaults.

  • Channel: Set the default channel that will display on the screen (left, right or both)
  • Amplify: Increase the gain or amplitude of the audio to hear faint sounds
  • Minimum and Maximum Frequency (Hz): The minimum and maximum bounds displayed on the spectrogram. The audio will be played for the entire spectrum unless the Generate Audio toggle is enabled.
  • X Scale: Use the slider to change the amount of seconds displayed on the spectrogram. A lower value will display more time whereas a larger value will display less time.
  • Y Height: The spectrogram height in pixels. A larger number will increase the vertical dimension of the spectrogram
  • Use Monochrome: When toggled on, displays spectrogram in a monochrome format (black and white). Toggle off to display colour spectrogram.s
  • Generate Audio: When toggled on, only the audio between the selected frequency ranges will be played.
  • Noise Filter: Attempts to apply a noise filter to better help hear the signal.
  • Contrast: Contrast range in dB. Default is 120 dB. This sets the dynamic-range of the spectrogram to be the selected value dBFS to 0 dBFS. This may range from 20 to 180 dBFS. Decreasing dynamic-range effectively increases the ‘contrast’ of the spectrogram display, and vice versa.
  • Brightness: Sets the upper limit of the Z-axis in dBFS. A negative number effectively increases the ‘brightness’ of the spectrogram display, and vice versa.

4.2.2 Ajout d’informations sur la tâche

Cliquez sur l’icône « Show Info Panel » dans le coin supérieur droit du spectrogramme pour afficher le panneau d’information sur la tâche. Ce tableau contient des champs où consigner les métadonnées de la tâche, comme les niveaux de bruits abiotiques et la qualité audio. Ces champs doivent être remplis avant que l’on puisse faire passer le statut de la tâche à Transcrite. S’ils ne sont pas remplis correctement, vous recevrez un message d’avertissement. Les champs sur l’évaluation du niveau de bruit moyen et la qualité audio sont remplis une fois l’étiquetage terminé.

  • Pluie: pluie moyenne sur le site de la tâche.
  • Vent: vent moyen sur le site de la tâche.
  • Industries: bruits industriels chroniques sur le site de la tâche.
  • Bruit: bruit de fond moyen sur le site de la tâche (bruits intermittents et autres bruits abiotiques).
  • Qualité audio: aperçu de la qualité audio de la tâche.
  • Commentaires: tout commentaire général ou description concernant la tâche.

**There are options for tagging abiotic noise sources. See Acoustic tagging methods for more information.

4.2.3 Étiquetage

Il y a deux manières d’ajouter des étiquettes aux spectrogrammes : des boîtes et des repères.

Les boîtes distinguent WildTrax de la plupart des autres systèmes d’identification audio : elles permettent aux utilisateur(-trice)s d’ajouter des étiquettes à une espèce dès son identification et d’obtenir des informations sur la fréquence, la longueur et l’amplitude de la vocalisation en fonction des dimensions de la boîte. Lorsqu’une boîte est dessinée sur le spectrogramme, l’utilisateur(-trice) de WildTrax est invité(e) à saisir les métadonnées relatives à l’espèce. L’enregistrement est interrompu pendant l’ajout des métadonnées.

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Des repères peuvent être utilisés pour indiquer l’endroit où un signal est détecté sans arrêter la lecture de l’enregistrement. L’utilisateur(-trice) doit ensuite revenir à chaque repère pour y ajouter une boîte et saisir les métadonnées appropriées. Les repères permettent aux utilisateur(-trice)s d’annoter rapidement les vocalisations de leur choix. Ces deux manières d’identifier les espèces permettent aux utilisateur(-trice)s de WildTrax de créer leur propre flux de travail de traitement des données.

Lorsqu’un signal est détecté, cliquez sur le spectrogramme et maintenez le bouton de la souris enfoncé pour tracer une boîte. La boîte devrait encadrer l’extérieur du signal. Selon votre plan d’étude, vous souhaiterez peut-être inclure les fréquences harmoniques. Une fois la boîte dessinée, la fenêtre Ajouter une nouvelle étiquette apparaîtra sur le côté droit du spectrogramme. 

Pour créer des étiquettes, WildTrax s’appuie sur un ensemble de règles minimales. À mesure que le système évoluera, de nouvelles règles pourraient s’appliquer. Les administrateur(-trice)s de projet doivent montrer à leurs membres comment annoter les espèces selon les besoins et les objectifs du projet.

  • En raison de contraintes relatives à la dimension maximale du spectrogramme actuellement utilisé par WildTrax, les étiquettes sont d’une durée minimale de 0,1 seconde et d’une durée maximale de 20 secondes.
  • En raison de contraintes relatives à la dimension maximale du spectrogramme actuellement utilisé par WildTrax, les étiquettes ont toujours une fréquence minimale de 0 Hz et une fréquence maximale de 12 000 Hz.
  • Peu importe la couverture spectrale, une étiquette doit toujours avoir les dimensions minimales de 0,1 seconde et de 200 Hz. Autrement, elle est supprimée automatiquement. En d’autres mots, l’étiquette doit avoir une taille minimale de 5 x 5 pixels.

  • L’étiquette doit encadrer le signal entier.
  • L’étiquette doit être le plus « près » possible du signal, c’est-à-dire qu’il doit y avoir le moins d’espace possible entre la boîte et le signal.
  • L’étiquette doit tenir compte des modèles et des répétitions de vocalisations importants.

Voici les champs associés à chaque étiquette :

  • Espèce : champ sous forme de liste déroulante qui opère par détection textuelle; saisissez un code d’espèce (qui s’apparente à la codification utilisée par l’AOS) ou le nom commun de l’espèce. 
  • Individu : champ qui correspond au nombre d’individus d’une espèce identifiés sur l’enregistrement. En d’autres termes, si vous entendez deux parulines couronnées (PACO), l’étiquette « 1 » sera attribuée à la première, et l’étiquette « 2 », à la seconde. WildTrax a été conçue pour remplir automatiquement le champ Individu à mesure que de nouvelles données sont saisies. Par conséquent, si vous oubliez de remplir le champ Individu, le système le mettra à jour automatiquement.
  • Confiance : ce champ sert à garder une trace des chants ou des cris que vous souhaitez vérifier.
  • Abondance : champ qui contient les informations relatives à l’abondance des individus de chaque espèce détectée. Il se divise en deux catégories : l’intensité des chants des amphibiens et toutes les autres espèces (1-10 et TMTT [trop nombreuses pour être identifiées]).
  • Type de vocalisation : champ qui décrit le type de vocalisation de chaque espèce ou individu détecté. De plus, un type de vocalisation peut être précisé pour chaque individu détecté et pour chaque intervalle d’une minute. Les options actuelles sont : chant, cri, non vocal. 
  • Commentaires : champ qui peut être utilisé pour prendre des notes sur les chants ou les cris relatifs à une espèce, en particulier dans le cas d’inconnus.

À tout moment au cours du processus d’identification, vous pouvez modifier les informations contenues dans vos étiquettes en cliquant sur la boîte ou en ouvrant le tableau des sons enregistrés. Vous pouvez modifier les dimensions et la position d’une boîte du spectrogramme en cliquant sur celle-ci, modifier les métadonnées des champs lorsque le tableau d’étiquetage est ouvert, et modifier le code d’espèce d’une étiquette si, par exemple, il est erroné ou si vous vous rendez compte que vous n’êtes pas en mesure d’identifier l’espèce. Au besoin, vous pouvez même supprimer des étiquettes!

4.2.4 Tableau des sons enregistrés

Les informations contenues dans une étiquette sont consignées dans le tableau des sons enregistrés sous le spectrogramme. Le tableau répertorie toutes les détections qui se trouvent dans une tâche. Le tableau vous permet de garder une trace des espèces et des individus déjà identifiés et de modifier des étiquettes.

Le tableau des sons enregistrés comprend les éléments suivants : le code d’espèce, les intervalles d’une minute durant lesquelles des espèces ont été détectées (s’il y a lieu), l’abondance, le type de vocalisation (représenté par différentes couleurs par souci de lisibilité) et le degré de confiance envers l’identification. Si vous placez votre curseur sur une cellule colorée, vous pouvez également voir la seconde à laquelle la boîte a été créée. En cliquant sur la cellule, WildTrax vous amène directement à la partie du spectrogramme où l’espèce a été détectée et fait jouer l’enregistrement (si le mode de lecture automatique a été sélectionné).

Le panneau Étiquette s’ouvrira. Cliquez sur le menu déroualnt à côté du champ Confiance pour revenir à la page de détection d’espèces et apporter des modifications dans le tableau d’étiquetage. La touche à bascule sous le spectrogramme vous permet d’activer ou de désactiver la lecture automatique de l’enregistrement lorsque vous accédez à une étiquette.

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4.2.5 Statut de la tâche

Comme nous l’avons mentionné précédemment, une tâche est la combinaison unique d’un(e) utilisateur(-trice), d’une méthode de traitement et d’un enregistrement. Le statut d’une tâche indique où en est son traitement.

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Si une tâche vous est attribuée et que vous avez des droits de lecture seule, vos options seront légèrement différentes. Si vous choisissez les statuts Mauvais temps, Défaillant ou Transcrite, vous ne serez pas en mesure de revenir à un statut de prétraitement.

Lorsque vous avez terminé l’étiquetage et que vous souhaitez passer à une autre tâche, retournez à la barre de navigation en haut de la page. Vous pourrez mettre le statut de la tâche à Transcrite et cliquer sur l’icône « Tâche suivante » pour passer à la tâche suivante. Il y a d’autres options de statut parmi lesquelles choisir. Par exemple, si vous souhaitez quitter la tâche, mais que l’étiquetage n’est pas terminé, sélectionnez En cours.

Lorsqu’une étiquette est créée dans une tâche, le statut passe automatiquement à En cours pour vous rappeler que vous avez consulté la tâche.

Voici quelques descriptions détaillées des statuts des tâches :

Non traitée ou traitement incomplet

La tâche a été attribuée récemment ou aucune étiquette n’a encore été créée.

En cours est un statut d’utilisation général pour une tâche en cours de traitement ou qui doit être retraitée pour une raison quelconque. Une fois qu’une étiquette a été créée, le statut de la tâche passera automatiquement à En cours.

Utilisez ce statut si vous êtes un membre en lecture seule et que vous devez signaler à votre administrateur de projet des tâches à auditer ou si vous êtes un administrateur de projet et que vous souhaitez qu’un(e) utilisateur(-trice) révise une affectation.

Traitée

Parfois, vous pouvez téléverser des médias dans votre projet qui ne conviennent pas à l’étiquetage. Vous pouvez signaler ces tâches attribuées comme étant du mauvais temps (par exemple, en raison du vent ou de la pluie) afin qu’elles ne soient pas traitées. Utilisez le panneau des conditions météorologiques simultanément pour prendre une décision sur l’adéquation météo.

Si vous détectez des dysfonctionnements avec votre support acoustique, tels qu’une mauvaise qualité audio qui ne vous permet pas de traiter la tâche, utilisez ce paramètre pour indiquer qu’aucun traitement n’a eu lieu en raison des erreurs.

Remarque : Vous pouvez indiquer les détails du dysfonctionnement dans le champ de qualité audio du panneau d’informations sur la tâche et dans les commentaires de la tâche.

Sélectionnez Transcrite pour indiquer que vous avez terminé la tâche !

4.2.6 Conditions météorologiques

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Les conditions météorologiques enregistrées à la station météorologique la plus près (et à l’heure approximative où l’enregistrement a été capté) sont affichées dans la barre au-dessus du spectrogramme. Une fenêtre de renseignements météorologiques plus détaillés s’ouvrira si vous cliquez sur la barre. Vous y trouverez les conditions horaires et quotidiennes enregistrées aux stations météorologiques se trouvant dans un rayon de 155 km du site de votre tâche. Vous pouvez passer en revue la liste de stations à l’aide des boutons « Précédent » et « Suivant » afin de consulter les conditions enregistrées dans diverses stations.

Remarque : Pour voir les conditions météorologiques d’un projet, les sites doivent contenir des métadonnées spatiales.
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4.2.7 Onglets Carte et Photos de site

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Si des métadonnées spatiales sont associées au site de la tâche sur laquelle vous travaillez ou que des photos ont été prises lors de la visite, les onglets Carte et Photos de site s’affichent automatiquement à côté de l’onglet Vérification. Ces onglets vous aideront à identifier des espèces en vous donnant une idée de l’état du site et des habitats qui s’y trouvent. Dans l’onglet Photos de site, les images sont classées par date de visite. De cette façon, si vous prenez des photos en hiver et en été, vous pourrez voir l’évolution au sol de votre site au fil des saisons!

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4.3 Méthodes d’identification acoustique

Dans WildTrax, les méthodes de traitement des données acoustiques sont conçues pour émuler les données aviaires recueillies par points d’écoute. Elles sont le produit d’une série de recommandations formulées par la BU, le Projet de modélisation aviaire boréal et Environment et Changement climatique Canada

La méthode de traitement des médias est déterminée à la phase de téléversement en fonction de deux aspects : la durée du traitement et le retrait des observations.

La première méthode (durée du traitement) correspond au temps que vous souhaitez consacrer au traitement d’une tâche. La seconde méthode (retrait des observations) consiste à « retirer » un individu étiqueté du reste des espèces identifiées. La limite est intégrée automatiquement dans WildTrax en fonction de la méthode sélectionnée.  Elle est définie à l’échelle de l’individu, comme PACO 1 ou PACO 2, et il y a actuellement trois types de limites dans WildTrax : une étiquette par minute (1SPM), une étiquette par tâche (1SPR) et un nombre illimité d’étiquettes (USPM).

Communiquez avec Soutien WildTrax pour ajouter une méthode.

4.3.1 Individus et abondance

Dans WildTrax, chaque étiquette permet de consigner le nombre et l’abondance des individus. Ces champs semblent similaires, mais ils sont assez différents et votre utilisation dépendra de vos objectifs de recherche. Consultez votre administrateur(-trice) de projet pour déterminer la meilleure façon d’identifier des espèces dans les tâches qui vous sont attribuées.

Le champ Individu sert à recenser les individus distincts d’une espèce. Sur la capture d’écran, une paruline obscure (PAOB) identifiée se voit attribuer le numéro individuel 1 (puisque c’est le premier individu de cette espèce à être détecté) ainsi que la valeur d’abondance 1 (puisqu’il s’agit du seul individu détecté).

Selon les besoins de votre projet, vous pouvez aussi comptabiliser de manière systématique les individus détectés dans chaque intervalle de votre méthode de traitement. De cette façon, tous les individus peuvent être recensés correctement.

Le nombre d’individus que vous êtes en mesure de distinguer et d’identifier dépend de plusieurs facteurs qui peuvent favoriser ou entraver votre capacité à les identifier. Le degré d’exactitude de l’identification augmente lorsque :

  • les individus sont territoriaux (ils sont dispersés géographiquement);
  • les individus sont sédentaires (les indicateurs du spectrogramme, comme l’amplitude ou les canaux, montrent que les individus ne se déplacent pas ou ne semblent pas être en train de le faire);
  • les individus ont des caractéristiques ou des comportements de chant uniques;
  • la richesse spécifique est faible dans l’enregistrement (il n’y a pas de masquage auditif)
  • les signaux abiotiques de l’enregistrement sont faibles (il n’y a pas d’interférences)

Il peut être difficile de distinguer les individus des espèces abondantes en raison de leurs traits d’histoire de vie ou de leurs comportements. Il peut être difficile de distinguer les individus des espèces abondantes en raison de leurs traits d’histoire de vie ou de leurs comportements. Vous pouvez aussi utiliser l’option TMTT (individus trop nombreux pour être étiquetés) pour indiquer qu’il y a trop d’individus pour les comptabiliser selon les paramètres de l’étiquette que vous avez créée.

Augmentez la valeur d’abondance seulement si vous êtes certain(e) de ne pas pouvoir distinguer les individus. Autrement, il est recommandé de toujours utiliser l’estimation la pIus prudente. À force de vous exercer à reconnaître des individus, vous allez vous améliorer!

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4.3.2 Abondance des amphibiens

Lors de la saison de reproduction, les amphibiens se rassemblent et il devient difficile de les dénombrer. Par conséquent, les amphibiens sont classés selon l’intensité de leurs chants dans WildTrax. Cette mesure est utilisée pour estimer l’abondance des individus au lieu de les distinguer un par un, comme on le fait pour les oiseaux ou les mammifères. L’intensité de chant est un indicateur de l’abondance relative d’une espèce inspiré par l’indice des chants des amphibiens (ACI) utilisé dans le cadre du programme de surveillance des amphibiens en Amérique du Nord (NAAMP) de 2005. Voici les trois niveaux d’intensité de chant :

  • IC1: des individus peuvent être distingués et il n’y a pas de chevauchements entre leurs chants;
  • IC2: des chants individuels peuvent être distingués, mais il y a des chevauchements;
  • IC3: des chants constants se chevauchent et forment un chœur

4.3.3 Degré de confiance et classification des sons inconnus

L’identification de signaux acoustiques dans un enregistrement comporte son lot d’incertitudes. Vu que toutes les espèces qui émettent des vocalisations produisent une grande variété de sons, il faut un certain temps aux observateur(-trice)s pour perfectionner leur capacité à reconnaître les centaines d’espèces et tous leurs types de vocalisations. Le champ Confiance est utilisé pour filtrer les étiquettes pour les besoins de l’analyse ou pour aider les identificateur(-trice)s à apprendre à repérer un signal (à l’aide de boîtes) et l’espèce émettrice par la vérification. 

Lorsque vous entendez un signal que vous ne reconnaissez pas, classez-le dans la catégorie Certitude ou Inconnu. Il est important de bien consigner les sons inconnus dans le jeu de données pour préciser que:

  • le signal est clair, mais l’observateur(-trice) ne le reconnaît pas
  • le signal est trop perturbé, faible ou étouffé pour être idnetifié
  • le signal est une courte note non descriptive ou un cri d’alerte

Les sons inconnus détectés doivent être classés dans des sous-catégories aussi précises que possible afin d’aider les autres observateur(-trice)s ou administrateur(-trice)s de projet à les identifier. Par exemple, les sons inconnus d’échenilleurs doivent porter la marque ECIN plutôt que PAIN (passereaux inconnus) ou INCO (inconnus). Usez de prudence lors du processus de catégorisation; en cas de doute, classez le son dans une catégorie plus générale (INCO).

Certains signaux sont trop faibles, perturbés ou étouffés pour être identifiés. Ces sons doivent être classés dans la catégorie Inconnu éloigné. Le seuil d’identification des signaux dépend de nombreux facteurs comme l’amplitude, la complexité du signal, les compétences de l’observateur(-trice), la clarté de l’enregistrement et à quel point le signal est étouffé ou confondu avec d’autres signaux de l’enregistrement. Certains complexes d’espèces sont communs à plusieurs familles et genres d’espèces. Dans ce cas, utilisez le code de sons inconnus le plus prudent.

Les notes faibles, génériques ou imprécises ont tendance à être ignorées lors de l’identification, car elles fournissent trop peu d’informations utiles sur le taux d’occupation ou de détection des individus au fil du temps. La BU utilise une technique de répétition normalisée à chaque station afin de tenir compte de ces tendances.

4.3.4 Types de vocalisation

Les animaux peuvent produire de nombreux types de vocalisations. Dans la version actuelle de WildTrax, les vocalisations sont classées en trois catégories : chant, cri et signal non vocal.

Dans WildTrax, le chant est défini de façon générale comme étant une vocalisation mâle, territoriale, produite par les passereaux (oiseaux chanteurs) ainsi que d’autres espèces, et qui sert à attirer des partenaires. Dans plusieurs études, le chant des passereaux est utilisé pour estimer la densité et la taille de la population d’une espèce. Il s’agit d’une mesure fiable, car les passereaux mâles chantent généralement sur le territoire qu’ils occupent.

Les cris sont des vocalisations qui ne permettent pas de déterminer le sexe de l’individu émetteur et/ou qui ne servent pas à l’attraction de partenaires. Les cris sont, par exemple, les vocalisations plus simples et moins mélodieuses typiques des espèces qui ne sont pas de l’ordre des passereaux ainsi que les signaux d’alarme ou les cris de quémandage.

Il y a toutefois des exceptions dans le monde naturel. Par exemple, même si les corvidés sont des passereaux, les mâles et les femelles poussent des cris. Le râle jaune (RAJA) est une espèce qui n’est pas de l’ordre des passereaux dont la principale vocalisation (« tik-tik tik-tik-tik ») est considérée comme un chant, car elle sert à délimiter son territoire et à attirer des partenaires, et que les femelles ne l’émettent pas.

Flight calls are other unique vocalizations given by birds which WildTrax differentiates these as they come from trigger-based recordings and separate study designs from scheduled-based recordings. It’s possible with certain families like the thrushes (Turdidae) and blackbirds (Icteridae) to identify these call signals to species.

  • Night flight call notes
  • White-throated Sparrow (Zonotrichia leucophrys) call notes
  • Swainson’s Thrush (Catharus ustulatus) call notes

Les vocalisations non vocales sont des sons mécaniques, comme des sifflements sourds, des froissements, des tambourinements et des grondements qui ne sont pas émis par le conduit vocal.

  • Wilson’s Snipe (Gallinago delicata) winnowing
  • Yellow-bellied Sapsucker (Sphyrapicus varius) drumming

Call+Feeding Buzz are the rapid series of calls produced to capture prey by echolocating species.

  • Little Brown Bat (Myotis lucifugus) feeding buzz

Depending on the taxa that you’re studying, you may want to use these categories differently than how WildTrax suggests. These recommendations, while imperfect, reflect common practices and help to standardize vocalization metadata. Nevertheless, the system is agnostic to vocalization type standards and is a proponent in making the system as flexible as possible. If you have a recommendation or suggestion on how to help develop this standard, email WildTrax Info.

4.3.5 Signaux abiotiques et mauvais temps

Les enregistreurs autonomes ne distinguent pas les sources de bruits, qui peuvent être d’origines géophoniques (p. ex. le bruit du vent ou de la pluie) et anthropophoniques (p. ex. le bruit des voitures). L’évaluation, l’identification et l’enregistrement de ces sources sonores sont importants, car la gamme de fréquences et l’amplitude du signal abiotique peuvent avoir une incidence sur la détectabilité des espèces.

Par exemple, certains enregistreurs peuvent être placés à proximité d’installations industrielles, comme des stations de compression, et les enregistrements qui y sont réalisés sont accompagnés d’un bruit de fond quasi constant en raison des compresseurs, des ventilateurs et des moteurs en marche. Les enregistreurs sont parfois installés près de routes achalandées où des voitures bruyantes passent à l’occasion. Tous ces sons ont une signature acoustique distincte qui peut être identifiée et étiquetée à l’aide d’un spectrogramme. Les sources sonores peuvent aussi être biotiques, comme des insectes qui volent près des microphones.

Gardez à l’esprit que les sons sont évalués en fonction de la fréquence ou de l’amplitude. Des sons faibles, mais pénétrants peuvent affecter la détectabilité des espèces. Les sons forts de basse fréquence peuvent aussi tromper l’oreille et lui faire manquer des signaux biotiques..

Dans WildTrax, les deux types de sources de bruits abiotiques (les bruits intermittents et les bruits chroniques) indiquent si un bruit est constant ou temporaire dans un enregistrement. Les bruits intermittents peuvent provenir de la circulation de l’autoroute, d’un avion dans le ciel ou de dispositifs d’effarouchement installés sur les sites industriels. Les bruits chroniques sont classés en quatre grandes catégories :

  • Pluie
  • Vent
  • Bruits industriels : p. ex. les installations de traitement, les mines, les gazoducs, les oléoducs, etc.
  • Bruits de fond : les bruits chroniques qui n’entrent pas dans les autres catégories, comme les courants d’eau, le tonnerre, les essaims de mouches, etc.

L’évaluation des bruits abiotiques d’un enregistrement se fait en deux étapes :

  • l’étiquetage du bruit dans le spectrogramme;
  • l’estimation du niveau moyen du bruit dans le panneau d’information de la tâche.

Les bruits abiotiques peuvent être étiquetés dans chaque intervalle de détection d’un enregistrement; un intervalle dure habituellement une minute, comme les intervalles de temps utilisés pour les oiseaux et les amphibiens.

Si la source de bruits est continue, les étiquettes abiotiques doivent durer un minimum de 5 secondes. Autrement, elles doivent correspondre à la durée maximale de l’événement sonore, par exemple la durée du bruit émis par une voiture qui passe. Les étiquettes doivent toujours être créées dans la gamme de fréquences de l’événement (p. ex. des vents forts pourraient correspondre à la fréquence maximale sur l’axe des ordonnées du spectrogramme). WildTrax utilise des codes de quatre lettres semblables à ceux de l’AOS pour désigner la pluie, le vent, les bruits industriels chroniques, les bruits anthropophoniques intermittents et d’autres bruits de fond.

À moins d’être défaillants, les enregistreurs autonomes émettent tous des bruits parasites (un grésillement interne) qui ne doivent pas être traités comme un bruit abiotique. Les plus vieux modèles d’enregistreurs autonomes ont un rapport signal sur bruit qui peut créer davantage de bruits parasites que les modèles plus récents.

Lorsque l’intensité et la fréquence du vent, de la pluie ou des bruits industriels augmentent, la détection des sons biotiques peut devenir plus complexe et des erreurs peuvent se glisser dans l’identification des espèces. Évitez de traiter les enregistrements comportant des bruits abiotiques qui dépassent le seuil défini dans les paramètres de votre projet.

Vous pouvez vérifier rapidement si les bruits abiotiques d’une tâche dépassent le seuil prédéfini. Parfois, c’est très simple (p. ex. s’il pleut fort dans l’enregistrement), d’autres fois, vous devez faire des vérifications ponctuelles du début à la fin d’un enregistrement. Une fois la vérification effectuée, vous pouvez passer à la transcription ou sélectionner le statut d’enregistrement « Mauvais temps » avant de passer à la prochaine tâche.

La barre des conditions météorologiques permet aussi d’évaluer la température sur le lieu de l’enregistrement au moment où celui-ci a été capté pour déterminer si elles sont compatibles avec le traitement. L’équipe de WildTrax élaborera des recommandations à ce sujet dans un avenir rapproché. 

4.4 Vérification des espèces

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La vérification est une série d’outils et de lignes directrices qui sert au contrôle de la qualité des projets de surveillance par enregistreur autonome.

In species verification, administrators assign users as validators to verify all tags grouped from a species-vocalization type in a project. Species-vocalization type is used for the grouping to allow the user to focus on one signal type at a time, e.g. Wilson’s Snipe (WISN) calling vs. winnowing. Species verification is important because it allows you to efficiently check all the tags produced in a project before publishing it, thereby dramatically increasing data quality output. 

ARU species verification in WildTrax is a two-stage approach:

1) Create or import tags in a project

2) Verify all the tags of a species-vocalization type

This allows a WildTrax user to have the first pass at processing the acoustic data and then use the verification tools to target and verify tags. Verification tags are populated once the task is completed (or switched to Transcribed). Clicking on the Species tab in the project page displays a list of species-vocalization types, summaries of the total number of verified tags, and tools to assign users for verification, in order to help you manage the verification process. Click on any of the species to enter the verification page.

This is the standard practice currently used in WildTrax. Use this route if you have trained taggers who will be generating tags from assigned tasks.

  • Upload recordings to a project and generate tasks by checking Create a new task
  • Assign users as taggers to the tasks
  • Tag all of the tasks in a project
  • Assign validators under the Species tab
  • Verify all of the tags for each species-vocalization type where desired; return to the tasks to change or delete tags where needed
  • Filter by verified tags and mark high quality ones as Nice, or mark as Nice as you verify
  • Proceed to publishing your verified project

If you have outputs from a recognizer and wish to verify the hits and share the results in WildTrax:

  • Upload recordings to a project and create tasks
  • Upload tags from the automated classifier
  • Assign validators under the Species tab
  • Verify all of the tags for each species-vocalization type where desired; return to the tasks to change or delete tags where needed
  • Rate the tags to help determine recognizer performance
  • Proceed to publishing your verified project

 

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Check with your project administrator for how you should proceed verifying acoustic data for your project.

4.4.1 Verification page

The verification page header designates the species-vocalization type you’re verifying and the filters are metadata you can use to filter the list of tags you see in the single tag panels. The single tag panels allow you to individually access and manipulate the audio and spectrogram properties, and take actions in order to verify the tag.

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You can listen to any of the audio in the single tag panels by clicking the Play button  in the top-left hand corner. The icons below the spectrogram indicate the following:

  • Verify: when checked green , the tag has been verified. The background of the single tag panel will also change to green. 
  • Rating : when checked yellow , the tag has been rated
  • Task link : opens a new tab to the task where the tag was created; the tag will be coloured black in the task
  • BirdNET probability: maximum probability (0-1) returned from BirdNET. The number is the maximum value found in all of the 3-second windows where BirdNET also positively detected the species and intersected the tag.
  • Amplitude : peak amplitude (in dBFS) of the tag
  • Abundance: abundance of the species made in the tag. If TMTT, the icon will appear as

Rating tags helps to create a library of high quality acoustic resources and verified datasets. Below are the descriptions of the 5-star rating system (adapted from eBird). You can rate a tag anywhere you see a while in species verification.

1 Star: Very weak target sound that is barely audible due to high background or handling noise or many overlapping sounds.

2 Stars: Weak target sound with significant background or handling noise or many overlapping sounds.

3 Stars: Good target sound with moderate background noise or some overlap with other sounds.

4 Stars: Strong target sound with limited background noise or some overlap with other sounds.

5 Stars: Very strong target sound with little or no background noise or overlap with other sounds.

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Tag needs review

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Tag has been verified
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Tag is selected

WildTrax uses the BirdNET API and returns the maximum probability from all the 3-second windows that intersected the tag. Note, results from other species are not returned. 

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WildTrax returns the maximum value in all of the 3-second windows (in dashed blue lines here) generated by BirdNET that intersect the tag. The value indicates the probability of BirdNET having detected the species in that interval. If BirdNET doesn’t detect the same species, the probability will be 0.

You can also click on the  button which opens the Help menu describing everything from the legend to keyboard shortcuts and tag selection methods so you can customize your verification workflow the way you want.

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4.4.2 Detailed verification window

Clicking on the top-right corner of the single tag panel  opens the detailed verification window. This window allows you to manipulate the audio and spectrogram parameters in order to verify the tag. The main sections of the detailed verification window include:

  • Task link (in the header)
  • Action buttons
  • Tag details
  • Spectrogram
  • Filters

The task link will open a new tab and jump back to the task to view where the tag took place, highlighting the tag in black. This is useful if you need more context beyond what is available in the detailed verification window.

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Actions are where you can quickly validate the tag after you’ve done any filtering or audio manipulation.

  •  to verify. The icon will turn green when the tag is verified.
  • Screen Shot 2022 01 27 at 12.31.09 PM to rate the tag following eBird guidelines.
  •  to delete. This will delete the tag from the system. The changes will also be tracked in the audit table of the task. 

Tag details in the left column summarize other useful information about the media and tag in order to help make a decision on the verification of the tag.

  • Minimum frequency: minimum frequency of the tag
  • Maximum frequency: maximum frequency of the tag
  • Length: length of the recording (seconds)
  • Default channel: indicates the channel used for default verification. If one of the channels were malfunctioning, the better channel will appear by default. 
  • BirdNET probability: maximum value returned from BirdNET
  • Peak dBFS: maximum amplitude of the tag
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You can manipulate the audio and spectrogram using the different filters and editors located below the tag. These include the following settings that you can combine in any way you’d like to generate the best-looking and -sounding spectrogram to verify the tag. 

  • Amplify: increases the gain, or amplitude, of the media.
  • Noise filter: runs a noise profile on the tag and attempts to eliminate noise.
  • Channel filter: Select the channel you want to display and listen to (Left or Right). By default, the left channel is visible while both channels are audible.
  • Z Contrast: Contrast range in dB. Default is 120 dB. This sets the dynamic-range of the spectrogram to be the selected value dBFS to 0 dBFS. This may range from 20 to 180 dBFS. Decreasing dynamic-range effectively increases the ‘contrast’ of the spectrogram display, and vice versa.
  • Z Brightness: Sets the upper limit of the Z-axis in dBFS. A negative number effectively increases the ‘brightness’ of the spectrogram display, and vice versa. 
  • Y Scale: Expand the number of pixels displayed on the Y axis. Default is 1x. A larger number stretches the spectrogram vertically.
  • Frequency filter toggle: when turned on, limits the audio file to playing only the frequency bounds of the tag. Helpful for eliminating other bandwidths to more clearly hear the signal. 

Chapitre 5 Données d’appareils photo

Les appareils photo autonomes sont un type de capteur environnemental qui est en train de remplacer les techniques de relevés conventionnelles par l’humain. Les appareils photo autonomes sont utilisés pour prendre des images de mammifères et d’autres taxons. Ils rendent possible la collecte de données continue ou presque sur de longues périodes, ce qui permet d’accumuler de grandes quantités de données utiles. C’est l’un des principaux avantages de ces outils. Ce chapitre montre comment ajouter des étiquettes à des images prises par un appareil photo autonome dans WildTrax.

5.1 Concepts

5.1.1 Méthode d’échantillonnage

Un appareil photo autonome peut être déployé sur un site pour une courte ou une longue période. Un ou plusieurs dispositifs peuvent être déployés sur le terrain pendant des années si les batteries et les cartes SD sont changées tous les six mois. Selon votre question de recherche initiale et l’usage que vous prévoyez faire des données recueillies, les dispositifs peuvent aussi être installés à un nouveau site une fois que la période d’échantillonnage prédéterminée prend fin. Cette souplesse donne un grand avantage aux utilisateur(-trice)s et/ou aux chercheur(-euse)s, car les seules limites imposées à la collecte de données sont l’espace de stockage et la vie de la batterie.

Vous pouvez configurer les paramètres de l’appareil photo autonome afin d’optimiser la vie de la batterie en fonction de la période pendant laquelle le dispositif sera déployé sur le terrain sans être entretenu. La méthode d’échantillonnage utilisée pour répondre à des questions relatives à des estimations de densité, d’abondance relative, de modélisation d’occupation, etc., doit être déterminée en fonction de la durée de déploiement sur le terrain, du nombre de dispositifs à installer et de la distance entre eux. Vous trouverez des ressources sur les méthodes de déploiement des appareils photo autonomes, les protocoles d’échantillonnage et les approches analytiques dans la section Ressources.

fr ressources

5.1.2 Tâches

Dans WildTrax, une tâche est la combinaison unique d’un ensemble d’images et d’un(e) observateur(-trice) qui est membre d’un projet.

WildTrax permet actuellement de traiter les images en utilisant une méthode à double observateur ; les tâches sont d’abord étiquetées par série d’images, mais il est important de noter que chaque tâche elle-même n’est pas évaluée une seconde fois. La deuxième validation des étiquettes se fait par espèce lors de la vérification des espèces (voir section 5.3.3 Vérification des espèces).

Le bouton « Afficher uniquement mes tâches » vous permet d’afficher uniquement les tâches qui vous sont attribuées. En cliquant à nouveau sur le bouton à bascule, vous pouvez voir toutes les tâches d’un projet.

fr tasks 2

5.1.3 Identification artificielle des images avec l’intelligence artificielle (IA)

L’auto-étiqueteur est un outil d’IA construit sur plusieurs approches d’apprentissage automatique (intelligence artificielle [IA]), qui utilise une combinaison de MegaDetector pour détecter AUCUN [c’est-à-dire les faux feux], les personnes, les véhicules et les animaux), MegaClassifier v0.1, et une IA WildTrax (pour améliorer la détection des personnes et de AUCUN et étiqueter les photos de PERSONNEL/CONFIGURATION).

Les paramètres d’étiquetage automatique sont définis au niveau du projet pour indiquer les catégories de classificateurs pour lesquelles l’étiquetage automatique sera appliqué lorsque de nouvelles séries d’images sont téléversées dans le projet, et si les catégories sélectionnées doivent être automatiquement cachées dans la page d’étiquetage de l’image. Les options actuelles sont les suivantes : AUCUN, Personne, Véhicule, PERSONNEL/CONFIGURATION et MegaClassifier v0.1. Une fois appliquées, les images de personnes sont floutées et les étiquettes des catégories de classificateurs sélectionnées sont automatiquement étiquetées et cachées sur la page d’étiquetage de l’image (filtrées hors de vue). Les images préfiltrées peuvent toujours être visualisées en supprimant le filtrage dans le panneau des filtres. Notez que les paramètres de flou de l’image de personne se trouvent dans les paramètres de l’organisation.

Les paramètres d’étiquetage automatique sont définis au niveau du projet pour indiquer les catégories de classificateurs pour lesquelles l’étiquetage automatique (un outil d’IA qui utilise une combinaison de MegaClassifier et d’IA WildTrax) sera appliqué lorsque de nouvelles séries d’images sont téléversées dans le projet, et si les catégories sélectionnées doivent être automatiquement cachées dans la page d’étiquetage de l’image. Les options actuelles sont les suivantes : AUCUN, Personne, Véhicule et PERSONNEL/CONFIGURATION.

L’objectif de MegaDetector est de détecter les animaux, les personnes et les véhicules dans les images des pièges photographiques. Il n’identifie pas les animaux, il se contente de les trouver. Notamment, les images classées comme des animaux par MegaDetector ne sont pas identifiées en fonction de l’espèce ; par conséquent, aucun étiquetage d’espèce n’est appliqué ; ces images sont automatiquement disponibles pour la visualisation et le balisage ultérieur.

PERSONNEL/CONFIGURATION est un paramètre utilisé pour sélectionner l’application automatique de l’étiqueteur PERSONNEL/CONFIGURATION à des ensembles d’images. L’étiquette automatique traitera automatiquement les images d’êtres humains apparaissant dans la première ou la dernière série comme PERSONNEL/CONFIGURATION (en utilisant un écart de 5 minutes entre les séries), sauf s’il y a moins de deux images identifiées automatiquement comme humaines, ou si l’étiquette PERSONNEL/CONFIGURATION a déjà été appliqué.

Le MegaClassifier v0.1 est un paramètre utilisé pour sélectionner l’application de la version préliminaire (test) de MegaClassifier automatiquement aux séries d’images.

5.1.4 Équipement recommandé

L’équipement suivant est recommandé pour le traitement des données d’image provenant d’appareils photo. L’utilisation de l’équipement approprié améliorera votre expérience et la qualité des données avec lesquelles vous travaillez dans WildTrax.

  • Ordinateur ayant un écran d’une taille minimale de 15 pouces avec une connexion Internet haute vitesse stable.

Communiquez avec Info WildTrax pour toute question.

5.2 Page d’identification des images d’appareils photo

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5.2.1 Ensembles d’images

fr preprocess 1

Métadonnées des séries d’images :

Vous pouvez accéder aux métadonnées des séries d’images à partir du tableau de bord du projet en sélectionnant l’onglet des séries d’images. Notez que ces informations diffèrent dans l’onglet des séries d’images du projet. Vous y trouverez des résumés des informations suivantes.

  • Site: le nom du site
  • Comptage d’images de mouvement : Le nombre total d’images où l’appareil photo a été déclenché en raison de la chaleur et du mouvement (Par ex., mode de déclenchement = « Détection de mouvement » ou « M ») dans l’ensemble d’images.
  • Nombre d’images étiquetées : Nombre total d’images étiquetées automatiquement et manuellement dans la série d’images ;
  • Statut de la tâche de l’appareil photo : Statut de traitement de la tâche du projet de l’appareil photographique (série d’images) ; (i.e., “Téléversement,” “Préparation” “Traitement,” “Prêt pour l’étiquetage,” or “ Étiquetage terminé”).
  • Observateur(-trice) assignée : l’utilisateur(-trice) WildTrax assigné(e) à la tâche (si aucun observateur(-trice) n’est assigné(e), WildTrax utilise par défaut l’option « Non assigné ») ;
  • Nombre de tâches : Nombre total de tâches (enregistrements ou séries d’images) ;
  • Nombre total d’images [tâche] : Nombre total d’images dans une tâche ;
  • Marque du capteur : la marque (fabricant) d’un capteur particulier (p. ex. Wildlife Acoustics, Reconyx).
  • Modèle du capteur : le modèle d’un capteur particulier (p. ex. « SM2 » ou « PC900 »)
  • Numéro de série de l’équipement : Numéro de série du capteur (par exemple, « H600HJ12269118 ») ;
  • Date/heure de début de la série d’images : Date et l’heure de la première image collectée dans la série d’images (au format « AAAA-MM-JJ HH:MM:SS ») ;
  • Date/heure de fin de la série d’images : Date et l’heure de la dernière image collectée dans la série d’images (au format « AAAA-MM-JJ HH:MM:SS ») ;
  • Statut du classificateur : Statut d’une série d’images en cours de traitement par l’Auto-étiqueteur (le cas échéant) ;
  • Types d’étiquettes : Étiquettes d’espèces présentes dans la tâche ;

5.2.2 Vérifier les espèces

fr verify species

Une fois l’identification terminée, un deuxième processus d’identification des espèces a lieu afin de relever et de corriger les erreurs d’identification. Il est facile de sélectionner des étiquettes inexactes dans les menus déroulants, alors cette étape est cruciale pour veiller à ce que les espèces soient bien identifiées et que toute erreur de saisie de données soit corrigée. Dans l’onglet « Étiquetage terminé » de la page du projet, l’administrateur(-trice) du projet peut attribuer des étiquettes d’espèces à des identificateur(-trice)s spécifiques.

  • Pour chaque espèce de la liste, sélectionnez le nom d’un(e) identificateur(-trice) dans le menu déroulant qui répertorie l’ensemble des utilisateur(-trice)s ajouté(e)s au projet. L’identificateur(-trice) devra vérifier les étiquettes associées à cette espèce. Vous pouvez également affecter aléatoirement des membres du projet à tous les groupes d’espèces identifiées.
  • Une fois les espèces vérifiées, le statut de la tâche passe à « Terminée ».

Consultez la section sur la vérification des espèces pour en savoir plus.

5.2.3 Contrôles et paramètres de la fenêtre d’identification

Dans un projet, cliquez sur une tâche d’appareil photo afin d’ouvrir la fenêtre d’identification. Même si vous pouvez voir toutes les tâches d’un projet, vous pouvez uniquement étiqueter les images liées aux tâches qui vous ont été attribuées.

tagging
fr tagging

Les informations suivantes peuvent être ajustées/accédées à partir de la fenêtre d’identification :

  • Étiquetage des vues (a) : Vous avez la possibilité d’étiqueter les images dans deux vues de pages d’étiquetage. 
    • Étiquetage terminé: Une vue d’étiquetage des images qui affiche toutes les images dans l’ordre chronologique, à l’exception des images qui ont été préfiltrées en fonction de vos paramètres de traitement (exclura les images prises de vues à intervalle et peut exclure les images étiquetées automatiquement) ;
    • Affichage de la série: Vue d’étiquetage d’images où chaque page affiche toutes les images d’une même série, classées par ordre chronologique. Les images apparaîtront dans une série si le délai entre les images consécutives déclenchées par le mouvement est inférieur à ce qui est défini comme l’écart entre les séries. Vous pouvez passer d’une vue à l’autre pendant l’étiquetage ou ajuster l’écart entre les séries (peut être ajusté dans l’interface de l’étiquetage ou par le biais des paramètres du projet) ;
  • Panneau de filtres (b): Le panneau des filtres peut être utilisé pour rechercher des images étiquetées ou pour filtrer certains paramètres au sein d’une série d’images. Vous pouvez filtrer les images étiquetées contenant l’une des options de champ d’étiquetage (voir la section 5.2.3 – Types d’étiqueteurs pour plus d’informations), telles que les étiquettes d’une espèce, d’un sexe ou d’un âge spécifique, ainsi qu’une variété d’étiquettes descriptives, de plages de dates et de champs de vision. À partir de cette fenêtre, vous pouvez visualiser toutes les images cachées (temporisées et étiquetées automatiquement) et sélectionner la date et l’heure des images que vous souhaitez visualiser ;
  • Panneau d’images (c): Endroit où les images sont téléversées dans la série d’images à partir d’un endroit spécifique, et un appareil photographique apparaît ;
  • Panneau d’icônes (d): Panneau d’icônes correspondant directement aux images affichées sur la page, afin de faciliter l’identification des erreurs ou l’étiquetage par lots des séries d’images. Des drapeaux ou des cases de couleurs différentes apparaissent en fonction des étiquettes appliquées. Vous pouvez accéder à la légende par l’intermédiaire du menu d’aide ;
  • Nombre d’images par page (e): Endroit où vous pouvez définir le nombre d’images affichées par page ;
  • Seuil d’affichage du cadre d’objet (f): Niveau de confiance minimal du classificateur pour lequel des cadres de délimitation seront affichés pour les catégories de détection sélectionnées. La valeur par défaut est gérée dans les paramètres du projet d’appareil photographique ;
  • Numéro de page (g): Selon le nombre d’images affichées par page, le nombre de pages correspondant augmentera ou diminuera ;
  • Informations EXIF de l’image (h): L’icône « i » située dans le coin inférieur droit d’une image permet d’afficher les métadonnées de l’image (par exemple, la marque et le modèle de l’équipement, le mode Flash, etc.) L’icône affiche également l’URL de l’image, qui peut être utilisée pour télécharger une image spécifique ;
  • Menu d’aide (i): Le menu d’aide se trouve à droite du nom du site ; il contient des informations sur les onglets d’étiquetage, les raccourcis clavier, les options de sélection d’images, une légende et des descriptions d’icônes ;
  • Raccourcis du clavier: Les raccourcis clavier permettent de naviguer facilement dans une tâche. Le menu d’aide vous rappellera comment utiliser ces commandes ;
  • Zoom sur l’image, détection de basculement et images à signalement rapide « Bonne » : Utilisez le bouton de zoom de l’image pour afficher l’image en plein écran. Une fois le zoom effectué, vous pouvez utiliser le bouton « Basculer la détection » pour activer ou désactiver les cadres de délimitation des classificateurs. Vous pouvez également utiliser l’étoile pour marquer vos images préférées avec le drapeau « Bonne » ;

5.2.4 Types d’étiquettes

Il existe deux types de d’étiquettes pour les données d’image : les étiquettes au niveau de l’individu(s) et les étiquettes au niveau de l’image. La plupart des champs d’étiquetage du projet d’appareil photo sont facultatifs et sélectionnés dans les paramètres du projet d’appareil photo.

Les étiquettes au niveau de l’individu(s) se réfèrent à une étiquette appliquée à un ou plusieurs individus présentant la même combinaison de caractéristiques (Par exemple, tous sont des mâles adultes présentant le même comportement). Notez que ce qui constitue la « même combinaison » dépend des options du champ d’étiquetage sélectionnées dans les paramètres du projet d’appareil photo. Les étiquettes au niveau de l’individu(s) apparaissent dans la partie supérieure grise de la page d’étiquetage.

fr tag types

Les étiquettes au niveau de l’image sont appliquées sur la base d’informations qui ne peuvent apparaître qu’une seule fois par image (par exemple, la neige ou le feu sont soit présents dans une image, soit absents). Les étiquettes au niveau de l’image sont affichées dans le grand cadre gris au bas de la page d’étiquetage. Notez que ce cadre se déplace vers le bas au fur et à mesure que de nouvelles étiquettes sont ajoutées.

fr tag type 2

Étiquettes au niveau de l’individu(s)

Les champs suivants peuvent être sélectionnés de manière facultative dans les paramètres du projet de d’appareil photo pour classer les caractéristiques d’un ou de plusieurs individus (s’ils ont les mêmes caractéristiques) dans une étiquette.

Certaines options de champ d’étiquetage sont des « champs un à plusieurs », ce qui signifie que vous pouvez sélectionner plusieurs options applicables. Dans le rapport des étiquettes, les champs de type « un à plusieurs » se présenteront sous la forme d’une liste séparée par des virgules.

Étant donné qu’il peut y avoir plus d’une étiquette de niveau individu(s) pour une seule image, il est important de noter que chaque étiquette correspond à une ligne unique dans le rapport des étiquettes (voir section 7.1 Télécharger des données).

fr individual tags
Espèce

Dans ce menu, il y a des étiquettes pour les mammifères, les oiseaux et les humain(e)s. Les espèces communes s’affichent dans le haut du menu déroulant afin de simplifier le processus d’identification.

Des étiquettes spéciales sont aussi utilisées dans certains cas :

  • Non-identifié : étiquette utilisée s’il n’est pas possible d’identifier l’individu dans l’image en fonction de ses caractéristiques visibles. Cette étiquette est souvent utilisée, par exemple pour les images où l’animal est flou ou sur celles où il n’y a qu’une boule de poils.
  • VIDE : étiquette utilisée si l’appareil photo est déclenché par un mouvement, mais qu’aucun individu ne figure sur l’image.
  • PERSONNEL/CONFIGURATION : étiquette utilisée pour les photos prises par le personnel lors de la configuration ou du retrait de l’appareil photo (within 120 minutes of the first and last image). This tag is applied automatically if the STAFF/SETUP auto-tagger is selected in the project settings.
Nombre

Nombre d’individus d’une certaine espèce, âge, sexe,  comportement, etc. (c’est-à-dire que ceci s’applique à une balise spécifique où tous les autres champs restent égaux, plutôt qu’à l’image) ; For example, if adults and juveniles occurred together in an image, the count would not equate to the number of both adults and juveniles, but rather, a separate tag for juveniles should be applied, and the counts in the separate tags should include the number of adults and the number of juveniles, respectively.

The default count for all wild animals is ‘1.’ The number can be changed if the count is greater than one. The default count for domestic animals, birds, and humans is ‘VNA.’ Users can also input VNA if they do not want to collect information in this field.

Classe d’âge

Classe d’âge catégorique (voir codes ; en choisir un) de l’individu(s) d’une étiquette (lorsqu’il est identifiable) ;

Les options de classe d’âge incluent :

  • Adulte (Adulte; valeur par défaut pour les mammifères sauvages): Un animal en âge de se reproduire.
  • Juv (Juvénile): L’étiquette associée aux individus juvéniles est uniquement utilisée pour le premier été de vie d’un animal, où il présente des caractéristiques juvéniles manifestes, comme des taches. 
  • INCO (Inconnu): La classe d’âge de l’animal n’est pas claire.
  • VNA (Variable inapplicable) : Valeur par défaut pour les animaux domestiques, les oiseaux et les humains). L’utilisateur(-trice) peut aussi indiquer VNA dans le champ Âge pour éviter de le remplir.
Class de sexe

Classe de sexe catégorique (voir codes ; en choisir un) de l’individu(s) d’une étiquette (lorsqu’il est identifiable) ; For example, ungulate species such as deer, elk, and moose can be identified by sex class based on the presence of antlers, but antlers are not manifested year-round. Therefore, antler-less ungulates are only tagged as a female between May 15 and October 1. Outside of these dates, if antlers are not present, the default of UNKN is used. Some species, such as bears, are often photographed with their young. When an adult mammal is with a juvenile, it can be assumed to be Female and tagged as such.

Les options de classe de sexe incluent : Mâle, Femelle, Inconnu (default) et VNA (variable non applicable). Les utilisateur(-trice)s peuvent sélectionner VNA s’ils ne souhaitent pas collecter ces informations.

Comportement

Champ de type « un à plusieurs » (voir les codes ; choisissez tous ceux qui s’appliquent) utilisé pour classer le comportement(s) des mammifères (indiqué sous forme de liste séparée par des virgules lors de la synchronisation des étiquettes) ;

Les options d’étiquette de comportement incluent : Voyageant, Debout, Courant, Mangeant/Cherchant la nourriture, Buvant, En rut/Accouplement, Inspectant, Vigilant, Affichage territorial, En rut, Inconnu, Autre et VNA (variable non applicable ; valeur par défaut).

Santé/Maladie

Champ de type « un à plusieurs » (voir codes ; choisir tous ceux qui s’appliquent) utilisé pour classer les descripteurs de l’état de santé et/ou de la maladie (liste séparée par des virgules lors de la synchronisation des étiquettes). 

Les options d’étiquette de santé/maladie incluent : Mauvais état, Décoloration, Chute de poils, Grosseurs, Tacheté, Blessé, Malformé (environnemental et/ou génétique), Malade, Tiques, Gale, Mort et Autre.

Direction du déplacement

Champ catégorique (voir codes ; en choisir un) utilisé pour classer la direction du déplacement de l’individu(s) en mouvement ; les 12 catégories représentent les 12 positions d’une horloge. En supposant que l’appareil photographique soit toujours orienté vers la position 12 heures, l’option saisie pour un individu en mouvement devrait représenter la position de l’horloge vers laquelle l’animal se déplace par rapport à la direction de l’appareil photographique. Par exemple, si l’animal se déplace de gauche à droite et que le mouvement est perpendiculaire à la direction de l’appareil photo, la direction du déplacement sera « 3 heures ».

Les options d’étiquette de direction du déplacement incluent : 1 heure, 2 heures, 3 heures, 4 heures, 5 heures, 6 heures, 7 heures, 8 heures, 9 heures, 10 heures, 11 heures et 12 heures.

Couleur de la robe

Champ de type « un à plusieurs » (voir les codes ; choisir tous ceux qui s’appliquent) utilisé pour classer la couleur(s) du pelage des mammifères (indiqué sous la forme d’une liste séparée par des virgules lors de la synchronisation des étiquettes) ;

Les options d’étiquette de couleur de la robe incluent : Beige, Brun, Noir, Blond, Brun chocolate, Brun cannelle, Brun foncé, Crème, Gris, Rouge, Orange, Jaune, Blanc, Mélanique et Autre.

Caractéristiques de la robe

Champ de type « un à plusieurs » (voir les codes ; choisir tous ceux qui s’appliquent) utilisé pour classer les attributs du pelage des mammifères (indiqué sous forme de liste séparée par des virgules lors de la synchronisation des balises) ;

Les options d’étiquette de caractéristiques de la robe incluent : Taches, Tacheté, Poivre et sel, Rayures, Phase croisée, Marque à la poitrine et Autre.

Caractéristiques des cors

Champ combiné (voir codes ; choisir une combinaison) utilisé pour documenter les informations sur les attributs des andouillers, y compris la position des cors, le nombre de cors et la précision du nombre de cors ; les utilisateurs ne pourront appliquer cette étiquette qu’aux espèces de mammifères dotées de bois (par exemple, l’élan, le cerf de Virginie).

Attributs des cors:

  • Position des bois: Le côté de l’embranchement identifié. (par exemple, Gauche, Droit, et Symétrique)
  • Nombre de cors: le nombre de cors présents
  • Précision du nombre : la précision du nombre de cors (par exemple, Exact, Environ, et Au moins)

Il convient de noter que les trois attributs des cors sont concaténés en une seule valeur dans le rapport d’étiquette résultant.

Collier

Étiquettes utilisées pour identifier les individus munis d’un collier (par exemple, un collier GPS ; peut être interprété comme « sans laisse » pour les chiens domestiques) (indiquées comme « VRAI » ou « FAUX » lors de la synchronisation des étiquettes) ;

Étiquette d’oreille

Étiquettes utilisées pour identifier les individus avec des étiquettes d’oreille (signalées comme « VRAI » ou « FAUX » lors de la synchronisation des étiquettes).

Interaction avec des éléments humains (IEH)

Étiquettes utilisées pour indiquer quand des mammifères individuels utilisent ou interagissent avec des éléments humains (par exemple, un animal creusant dans un tas de compost) (indiquées comme « TRUE » ou « FALSE » lors de la synchronisation des étiquettes).

Révision

Étiquette appliquée lorsque les attributs des espèces ne sont pas clairs et doivent être vérifiés. Chaque balise de niveau individu(s) dans une image est associée à une étiquette d’examen, de sorte qu’il est clair quelle étiquette doit être examinée (signalées comme « VRAI » ou « FAUX » lors de la synchronisation des étiquettes).

Commentaires sur l’étiquette

Les commentaires sur les étiquettes sont des commentaires entrés par l’observateur pour décrire des détails supplémentaires sur l’étiquette au niveau de l’individu(s). Notez qu’il existe également un champ pour documenter les commentaires sur les images.

Étiquettes au niveau de l’image

Champ de vue

Le champ de vue (FOV) est l’étendue d’une scène visible dans une image (Wearn & Glover-Kapfer, 2017).

Pour les appareils photo, le champ de vue est influencé par la façon dont l’appareil photo est installé (hauteur et angle de l’appareil photo, pente, etc.) et reste souvent inchangé tout au long de l’utilisation de l’appareil photo. Toutefois, le champ de vue d’un appareil photo peut changer au cours du déploiement, par exemple si la neige bloque l’objectif ou si l’appareil photo est poussé par un animal qui passe devant lui (par exemple, s’il fait maintenant face à un autre arbre plutôt qu’à une zone dégagée). Lorsque le champ de vue de l’appareil photo a changé par rapport à la vue de configuration, les utilisateurs doivent utiliser les étiquettes image FOV pour documenter les images qui ne doivent pas être incluses dans la période d’observation (et donc dans l’effort d’échantillonnage) d’un déploiement. Il est important d’utiliser correctement les étiquettes image FOV car elles permettent d’estimer correctement l’effort d’échantillonnage de chaque appareil photo.

Durant le processus d’identification, les étiquettes de champs de vue sont appliquées uniquement là où le champ de vue de l’appareil photo a changé de façon importante pendant trois heures ou plus par rapport à la FOV à la configuration. Lorsque cela se produit, les images sont considérées comme « Hors de portée », et la période d’observation se termine pour l’appareil photo. L’image(s) peut être une image de mouvement ou une image déclenchée à intervalle.

Critère de FOV « Hors de portée » :

  1. Le champ de vue de l’appareil photo a changé pendant plus de 3 heures.
  2. La modification du champ de vision était « significative », ce qui peut se produire pour les raisons suivantes :
  • Perte de visibilité – Plus de la moitié de la lentille était recouverte (par de la neige, de la végétation, un arbre tombé, etc.). La discrétion est de mise lorsque, par exemple, des bovins s’appuient sur un poteau et font bouger l’appareil photo de sa position de manière répétée. Dans ce cas, on considère que l’appareil photo ne fonctionne pas correctement pendant toute la durée de l’incident. ; OU 
  • Changements importants dans le mouvement de roulis, inclinaison et orientation de l’appareil photo :
    • Mouvement de roulis : La période d’observation prend fin si l’horizon d’une image est incliné de plus de 30 degrés par rapport à son niveau. Remarque : les lignes de l’image ci-dessous indiquent l’angle auquel l’horizon devrait tourner pour être considéré comme hors de portée ;
    • Inclinaison : La période d’observation prend fin si l’angle de l’appareil photo est déplacé vers le haut ou vers le bas de manière que la perche (si elle est utilisée) soit hors de vue au-delà du bas de l’image ou au-dessus du centre de l’image ;
    • Orientation : La période d’observation se termine si le bas de la perche (si elle est utilisée) est hors de vue au-delà du côté droit ou gauche de l’image.
Application des étiquettes FOV de l’image

Il existe quatre étiquettes FOV potentielles : « Dans le champ », « Hors de portée », « FIN – Dernière bonne image dans le FOV » et « DÉBUT – Première bonne image dans le FOV ». Il est important de noter que l’étiquette Hors de Portée est automatiquement appliquée aux images situées entre les étiquettes FIN et DÉBUT (si elles ont été appliquées) une fois que la vérification du FOV a été effectuée. 

Si le FOV reste inchangé (ou modifié, mais pendant moins de 3 heures) par rapport à la vue de configuration, le FOV de l’appareil photo est supposé se situer « Dans le champ » la plage normale (par défaut) et la période d’observation comprend l’ensemble du déploiement. Cependant, que se passe-t-il si, par exemple, vous étiquetez un ensemble d’images avec environ    2 500 images, et qu’il y a eu une période au milieu du déploiement (par exemple, les images 1001 à 1551) où la neige a recouvert l’objectif de l’appareil photo pendant plus de 3 heures, et que par conséquent, ces images doivent être considérées comme « Hors de portée ». Cependant, les utilisateurs n’ont pas besoin d’appliquer manuellement l’étiquette Hors de Portée puisque WildTrax la traitera automatiquement après la vérification du champ de vision si les étiquettes FIN et/ou DÉBUT sont appliquées. Pour les 999 premières images, l’utilisateur peut laisser le FOV de l’image par défaut (« DANS LE CHAMP ») puisque le FOV est resté le même que celui de la vue de configuration et que la période d’observation a donc commencé avec la première image et s’est poursuivie jusqu’à ce que le FOV ait changé. Les utilisateurs doivent appliquer la balise FIN à l’image 1 000 puisqu’il s’agit de la dernière image avec le bon champ de vision et qu’elle signifie la fin de la période d’observation. La neige ayant fondu après l’image 1 551, l’utilisateur doit appliquer l’étiquette DÉBUT à l’image 1 552 pour signifier que la période d’observation a recommencé.

En résumé, suivez les instructions suivantes pour utiliser correctement les étiquettes FOV :

  • Dans le champ (valeur par défaut) : S’applique aux images pour lesquelles l’appareil photo est supposé avoir le champ de vue de la configuration de l’appareil photo (c’est-à-dire qu’il se trouve « DANS » la plage normale). La valeur par défaut du champ de vue est « DANS LE CHAMP », puisque les images sont censées être dans la plage normale ;
  • Hors de portée : S’applique aux images pour lesquelles le champ de vue de l’appareil photo a changé de manière significative (pendant plus de 3 heures) par rapport à la configuration du FOV. (Il n’est pas nécessaire d’étiqueter toutes les images hors champ. WildTrax les traitera automatiquement au moment de la vérification du champ de vue. Les images peuvent être des images de mouvement ou des images déclenchées à intervalle ;
  • FIN – Dernière bonne image dans le FOV : Si le FOV a changé de manière significative (pendant plus de 3 heures), appliquer à la dernière image avec le FOV correct (le FOV de configuration de la caméra) avant le changement de FOV (par exemple, la dernière image avant que la neige ne recouvre l’objectif ou qu’une vache ne s’appuie contre l’appareil photographique) pour signifier la fin de la période d’observation ;
    • Noter que les étiquettes « FIN » et « DÉBUT » ne sont utilisées que si la vue change par rapport aux images de configuration.
  • DÉBUT – Première bonne image dans le FOV : Appliqué si a) l’étiquette FIN a été appliquée, et b) si le FOV de l’appareil photo revient au FOV correct (le FOV de configuration de l’appareil photo) ; appliqué à la première image capturée avec le FOV corrigé (par exemple, la neige fond ou les vaches cessent de se pencher contre l’appareil photographique) pour signifier que la période d’observation a recommencé ;
    • Ne pas appliquer d’étiquette « DÉBUT » au début d’une série d’images pour indiquer que l’appareil photographique a été configuré avec succès ;
    • Notez que les étiquettes « FIN » et « DÉBUT » ne sont utilisées que si la vue change par rapport aux images de configuration.
  • Une fois la vérification du champ de vue terminée (voir la section 5.3.6 Vérification du champ de vue), l’étiquette « Hors de portée » est automatiquement appliquée aux images situées entre l’étiquette FIN (fin de la période d’observation) et l’étiquette DÉBUT (début d’une nouvelle période d’observation).
Présence de la neige

Étiquettes appliquées aux images où la neige est présente sur le sol (signalés comme « TRUE » ou « FALSE » lors de la synchronisation des étiquettes). Si la neige est dans l’air (c’est-à-dire qu’il neige) mais pas sur le sol, la présence de neige ne doit pas être signalée ;

Épaisseur de la neige (m)

Épaisseur de la neige (en mètres) à la distance à laquelle la caméra détecte un mouvement au niveau du sol/de la surface de la neige ;

Profondeur de l’eau (m)

Profondeur de l’eau (en mètres) à la distance à laquelle la caméra détecte un mouvement à la surface de l’eau ;

Présence de feu

Étiquettes appliquées aux images lorsqu’il apparaît que l’appareil photo ne fonctionne pas correctement (par exemple, les images sont complètement noires ou pixélisées) (signalées comme « TRUE » ou « FALSE » lors de la synchronisation des étiquettes) ;

Défaillance

Étiquettes appliquées aux images lorsqu’il apparaît que l’appareil photo ne fonctionne pas correctement (par exemple, les images sont complètement noires ou pixélisées) (signalées comme « TRUE » ou « FALSE » lors de la synchronisation des étiquettes) ;

Bonne

Étiquettes utilisées pour mettre en évidence les images de haute qualité afin qu’elles soient plus faciles à trouver ultérieurement (signalées comme « VRAI » ou « FAUX » lors de la synchronisation des étiquettes) ;

Commentaires sur l’image

Les commentaires saisis par l’observateur pour décrire tout détail supplémentaire concernant l’image. Notez qu’il existe également un champ pour documenter les commentaires sur les individus.

Codes pour les champs d’étiquetage

Vous pouvez trouver les codes d’option de champ en cliquant sur le bouton « Gérer » sur la page du projet et « Codes de téléchargement ».

5.3 Méthodes d’identification des images d’appareils photo

WildTrax propose quatre fonctions principales pour l’étiquetage des images d’appareil photo :

  • Étiquetage — Identifier toutes les espèces capturées par l’appareil photo
  • Examen du champ de vue — Déterminer l’effort d’échantillonnage de l’appareil photo en appliquant des étiquettes de portée de l’appareil photo si nécessaire ;
  • Vérifications des espèces — Vérifier les espèces marquées lors de l’étiquetage ;
  • Valider les informations de localisation — Vérifier que le nom du site sur WildTrax correspond au préfixe de l’appareil photo.

Toutes les tâches du projet de l’appareil photo ayant le statut « Prêt pour l’étiquetage » peuvent être étiquetées. Si vous n’êtes pas l’administrateur de l’organisation ou du projet, vous ne pouvez étiqueter que les tâches qui vous sont attribuées.

5.3.1 Étiquetage

L’étiquetage des images dans WildTrax est relativement souple dans la mesure où l’utilisateur peut être aussi général ou aussi détaillé que l’exige votre question. L’étiquetage implique l’application d’un ou plusieurs étiquettes, composées d’une espèce, d’un sexe, d’un âge et d’un nombre d’individus, à chaque image. 

Dans l’écran d’étiquetage, sélectionnez une ou plusieurs images à étiqueter de différentes manières :

  • Cliquez sur l’image pour la sélectionner ;
  • Cliquez et faites glisser votre curseur sur des séries d’images ;
  • En utilisant Shift, vous pouvez cliquer sur la première image ; puis, en maintenant Shift, cliquer sur la dernière image pour sélectionner toutes les images situées entre les deux ;
  • En utilisant Ctrl, vous pouvez sélectionner plusieurs images qui ne sont pas dans un ordre consécutif. Il est notamment possible de faire glisser des encadrés autour de plusieurs sous-ensembles d’images ;
  • Sélectionnez les images dans le panneau situé à gauche de l’écran. Remarque : les images sélectionnées sont surlignées en bleu-sarcelle dans le panneau des numéros. Appuyez sur ESC à tout moment pour désélectionner les images en surbrillance ;
  • Appliquez une ou des étiquettes aux images sélectionnées à l’aide de la fenêtre d’étiquetage. Une fois l’image(s) sélectionnée, cliquez sur « Étiquette X sélectionéee », où X représente le nombre d’images que vous avez mises en surbrillance pour l’étiquetage, et remplissez les informations applicables.
fr image tagging

Le formulaire d’étiquetage diffère selon qu’il s’agit d’une seule image (formulaire d’étiquetage d’une seule image) ou de plusieurs images (formulaire d’étiquetage d’une série d’images) :

Formulaire d’étiquetage d’une seule image :

fr image tagging 2

Formulaire d’étiquetage d’une série d’images :

Vous pouvez être confronté à quatre scénarios d’étiquetage :

  1. 1 images / 1 individu / 1 espèce : si vous sélectionnez une ou plusieurs images avec un seul individu d’une espèce, une seule étiquette est appliquée. Une fois les champs de d’étiquette remplis, cliquez sur « Enregistrer tout et fermer » pour appliquer l’étiquette.
  2. 1 image / >1 individus / 1 espèce: si vous sélectionnez une seule image contenant > 1 individu d’une seule espèce, mais que l’âge et/ou le sexe diffèrent entre ces individus, plusieurs étiquettes sont appliquées. Une fois que vous avez rempli les champs d’étiquetage pour le premier individu, cliquez sur pour créer une nouvelle étiquette pour l’individu suivant. Exemple : une image avec une femelle élan et son petit, ou un cerf mâle et une femelle ensemble. Dans ce cas, vous devez créer une étiquette unique pour chaque individu.
  3. 1 image / 2 espèces: Si vous sélectionnez une seule image contenant plus d’une espèce, plusieurs étiquettes sont appliquées. Une fois que vous avez rempli les champs d’étiquetage pour la première espèce/individu, cliquez sur pour créer une nouvelle étiquette pour l’espèce/individu suivant. Exemple : une image sur laquelle un cerf a déclenché l’appareil photo et un coyote a également été capturé en arrière-plan. Dans ce cas, vous devez créer une étiquette pour le cerf, puis une étiquette pour le coyote.
  4. >1 image / >1 individus / 1 espèce / les étiquettes diffèrent : Si vous sélectionnez plusieurs images contenant plus d’un individu d’une même espèce et que l’âge, le sexe ou toute autre étiquette (par exemple, le comportement) diffère entre ces individus, plusieurs étiquettes sont appliquées.

Mise à jour de toutes les données non étiquetées

Les images comportant de nombreuses espèces qui auront toutes la même étiquette, telles que les vaches domestiques, peuvent être laissées sans étiquette jusqu’à la fin. Une fois que toutes les autres images de la série (y compris NONE) ont été marquées, vous pouvez sélectionner le bouton « Mettre à jour toutes les images sans étiquettes » et saisir l’étiquette Vache domestique dans la fenêtre de marquage. Ce faisant, toutes les images non marquées restantes (sur toutes les pages) seront marquées comme Vache domestique. Le bouton « Mettre à jour toutes les images sans étiquettes » peut être utilisé pour toutes les espèces dont les attributs de l’étiquette (par exemple, nombre d’individus, classe de sexe ou classe d’âge) ont pour valeur par défaut « VNA ». Ainsi, ce bouton peut donc être utilisé pour tous les animaux domestiques, les humains ou NONE. Ce bouton ne peut pas être utilisé si les attributs de l’étiquette varient.

5.3.2 Examen du champ de vue

L’examen du champ de vue n’est achevé que si une étiquette « Hors de portée » est appliquée au cours du processus de balisage, et après que toutes les images d’un ensemble d’images ont été étiquetées. L’objectif est de déterminer exactement à quel moment la vue de l’appareil photo a changé au cours de la période de déploiement, à l’aide de l’étiquette(s) « Hors de portée » précédemment appliquée. Au cours de cette étape, les images sont affichées dans l’ordre chronologique inverse (c’est-à-dire de la dernière photo prise à la première photo prise), et toutes les images sont incluses (c’est-à-dire déclenchées par le mouvement, répétées dans le temps, identifiées automatiquement) afin d’inspecter le champ de vue.

Pour compléter l’examen du champ de vue :

  1.  Localisez l’étiquette(s) « Champ de vue » appliqué au cours du processus d’étiquetage. Si vous ne parvenez pas à la localiser sur la première page, cliquez sur les trois points situés entre les numéros de page pour déterminer la page sur laquelle se trouve un triangle jaune ;
  2.   Cliquez sur la page comportant le triangle jaune et localisez la dernière image prise dans le champ de vue. La dernière bonne image se trouve à droite de l’image marquée « FIN », car les images sont classées de la dernière à la première ;
  3. Sélectionnez la dernière bonne image, ouvrez le formulaire d’étiquetage et sélectionnez l’étiquette « FIN – Dernière image dans le champ de vue” dans le menu déroulant « Champ de vue”.
  4. Cliquez sur le bouton « Vérifiez le champ de vue » dans le coin supérieur droit.

5.3.3 Vérification des espèces

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Dans WildTrax, la vérification des espèces est une étape d’assurance et de contrôle de la qualité qui permet de veiller à ce que les étiquettes d’images soient appliquées correctement. Cette étape est effectuée une fois que tous les ensembles d’images d’un projet sont au statut « Étiquetage terminé ». En général, toutes les étiquettes de mammifères sauvages sont vérifiées deux fois. La vérification des étiquettes d’espèces domestiques et d’oiseaux est à la discrétion de l’administrateur(-trice) de projet, qui attribue les tâches aux identificateur(-trice)s.

Les principaux objectifs de l’étape de vérification des espèces sont les suivants :

  • s’assurer de l’exactitude des étiquettes appliquées manuellement pour identifier les espèces;
  • s’assurer de l’exactitude des étiquettes d’identification contextuelle des espèces;
  • s’assurer de l’exactitude des étiquettes d’identification automatique des espèces;
  • approfondir l’analyse des images vérifiées.

Les espèces qui vous ont été attribuées se trouvent dans l’onglet “Espèce”. Voici ce que vous devez confirmer lors de la vérification des espèces : l’exactitude des étiquettes d’identification des espèces et l’exactitude des étiquettes d’âge, de sexe et de nombre d’individus.

  • Si vous repérez des erreurs, vous devez modifier l’étiquette en prenant l’une des mesures suivantes : Cliquez sur l’image, puis sur le bouton  situé dans le coin supérieur droit de l’écran afin d’ouvrir le formulaire d’identification. Vous pouvez aussi cliquer sur l’étiquette à modifier qui se trouve sous l’image pour ouvrir le formulaire. Dans tous les cas, modifiez l’étiquette dans le formulaire d’identification, puis cliquez sur Enregistrer tout et fermer. 
  • Une fois que toutes les images d’une page sont vérifiées, cliquez sur le bouton « Vérifier l’espèce » situé au bas de l’écran. La prochaine page de photos à vérifier s’affichera automatiquement. Une fois que toutes les images d’une page sont vérifiées, les images et les boîtes de navigation deviendront vertes, ce qui indique que la vérification est terminée.
verify canada lynx

Remarques :

  • Si une étiquette Vérification a été appliquée à une image lors de la première phase d’identification, elle sera encadrée d’une bordure orange dans le panneau latéral pour indiquer qu’elle doit être passée en revue avec parcimonie.
  • Les images ayant une étiquette Inconnu ou À vérifier comportent des espèces ou des formes non identifiables ou encore des espèces que des observateur(-trice)s pensent avoir identifiées. Ces images doivent être revérifiées afin d’identifier les espèces correctement. Les images marquées d’une étiquette À vérifier et par des espèces que l’on n’arrive pas à identifier avec certitude, mais qui contiennent tout de même des caractéristiques identifiables, doivent conserver cette étiquette. Par contre, si les espèces contenues dans l’image ne peuvent être identifiées et qu’elles n’ont pas de caractéristique identifiable, remplacez l’étiquette À vérifier par Inconnu.

5.3.4 Vérification des renseignements liés à un site

Vérifiez deux fois plutôt qu’une les renseignements liés à un site. C’est simple, mais essentiel. Cette étape s’applique uniquement si une marque de référence a été utilisée lors de la configuration d’un site ou du retrait d’une pièce d’équipement. Si ce n’est pas le cas, passez à la section Étiquetage des images.

Les identificateurs automatiques ou contextuels sont des outils de traitement facultatifs conçus par l’équipe de WildTrax pour accélérer le processus d’identification et réduire le nombre total d’images à étiqueter dans la fenêtre d’identification. Ces outils identifient automatiquement les espèces communes (p. ex. les vaches), les photos accidentelles et les photos prises par le personnel lors de la configuration d’un appareil qui se trouvent au début d’un ensemble d’images. Les images étiquetées par les identificateurs automatiques ou contextuels sont automatiquement masquées de la fenêtre d’identification. Si aucune photo de configuration ne s’affiche à la première page, vous devez régler le filtre pour procéder à la vérification des renseignements en faisant ce qui suit :

  • Cliquez sur une tâche pour aller à la page d’identification. Cliquez ensuite sur le bouton « Filtré » situé à droite du nom du site.
  • Décochez la case « Exclure les identifications automatiques ».

Avisez l’administrateur(-trice) de projet si quelque chose cloche.

Chapitre 6 Données de points d’écoute

Le dernier chapitre sur les capteurs environnementaux porte sur les données de points d’écoute.

6.1 Concepts

Un point d’écoute est une méthodologie utilisée pour effectuer le relevé d’animaux. Un(e) observateur(-trice) se poste à un site prédéterminé pendant une période donnée et compte tous les individus qu’il ou elle détecte.

On utilise une estimation de la distance et des intervalles de temps pour tenir compte des erreurs de détection possible (dues au fait qu’il n’y a eu aucun chant durant le point d’écoute ou parce que l’observateur[-trice] l’a manqué ou l’a mal identifié). Voilà ce qui définit un relevé dans WildTrax. L’exécution d’un point d’écoute permet de consigner des renseignements tels que la bande de distance, l’intervalle de temps où l’individu a été détecté, l’espèce et l’abondance (ou le dénombrement des individus). De cette façon, chaque détection devient une observation.

Dans WildTrax, les relevés et les visites sont deux choses différentes. Les visites signifient qu’une personne se rend à un site alors que les relevés sont la combinaison unique des méthodes utilisées pour effectuer un point d’écoute.

6.2 Page de relevés aux points d’écoute

La page de relevés aux points d’écoute présente les observations et plusieurs autres attributs des relevés. Elle se compose de deux sections : l’en-tête et le panneau d’observation. L’en-tête contient l’information sur la méthode de la durée, la méthode de la distance, le nom du site et la date et l’heure du relevé. Elle contient aussi une barre des conditions météorologiques semblable à celle qui figure dans les pages d’identification acoustique et des images provenant d’appareils photo.

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Dans le panneau d’observation, vous pouvez aussi cliquer sur les onglets Carte et Photos de visite pour parcourir les métadonnées spatiales et les photos prises lors de la visite.

Les valeurs des lignes correspondent au nombre d’individus observés dans chaque bande de distance et méthode de durée. Si plusieurs individus ont été entendus, une nouvelle ligne est créée.

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Chapitre 7 Télécharger des données et Découvrier les données

Le dernier chapitre de ce guide vous présentera comment télécharger, extraire et découvrir des données dans WildTrax grâce aux sections Télécharger des données et Découvrir les données.

7.1 Télécharger des données

La page Télécharger des données du site de WildTrax vous permet d’exporter et de télécharger les données traitées et étiquetées de vos projets. Le téléchargement sous forme compressée contient plusieurs fichiers CSV (selon le nombre de projets que vous téléchargez) avec des colonnes adaptées à chaque type de capteurs. 

À partir de la page Télécharger des données, votre accessibilité aux projets WildTrax dépend de votre organisation, de vos droits et du statut du projet (voir la section Confidentialité). À titre d’administrateur(-trice), vous pouvez télécharger des données à tout moment pour effectuer des analyses préliminaires.

Pour télécharger les données d’un projet, ouvrez une session dans WildTrax, allez à Mes Données et cliquez sur le bouton Télécharger les données. Suivez les trois étapes de téléchargement des données : choix de capteur, choix de projets et choix du format de téléchargement.

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You can use the checkboxes on the side of each project to select it for download. You can also search or filter by organization or project name.

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Click Next once you have your projects selected to Download the zip file of raw data.

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Les rapports WildTrax sont standardisés au niveau du contenu, de la terminologie et des codes de champ pour toutes les méthodes de collecte de données (appareil photo, enregistreur autonome, point d’écoute) afin de rendre la navigation et l’intégration entre les méthodes faciles et intuitives et de répondre aux divers besoins des utilisateurs.

Les rapports WildTrax seront téléchargés séparément pour chaque méthode de collecte de données et chaque projet.

Le fichier ZIP téléchargé pour un projet contient une combinaison des CSV suivants (en fonction du type de projet) :

  • Rapport principal (tous projets) : Un rapport contenant une variété de champs provenant de différents niveaux de la base de données et qui devrait être le seul rapport dont la plupart des utilisateurs auront besoin. Chaque ligne correspond à une étiquette (enregistreur autonome, appareil photo) ou à une détection (point d’écoute).
  • Rapport du projet (tous projets) : Un rapport contenant des informations sur les champs de description du projet.
  • Rapport des sites (tous projets) : Un rapport contenant des détails sur tous les sites du projet. Notez que le contenu de ce rapport dépend des paramètres de confidentialité de l’organisation en matière de localisation.
  • Rapport d’ensemble d’images : Un rapport contenant des détails sur chaque ensemble d’images du projet. Notez qu’il peut y avoir plusieurs ensembles d’images par déploiement.
  • Rapport d’enregistrements/d’images/de points d’écoute :
    • Enregistrement : un rapport contenant des détails sur les enregistrements individuels
    • Image : un rapport contenant des détails sur les images individuelles
    • Point d’écoute : un rapport contenant des détails sur les points d’écoutes
  • Rapport des étiquettes : Une liste polyvalente, de format long, de toutes les étiquettes du projet. Pour les projets d’enregistreur autonome, cette liste comprend un résumé détaillé des étiquettes dans les projets avec divers résultats de statistiques audio. Pour les projets d’appareil photo, rappelez-vous qu’il peut y avoir plus d’une étiquette par image, et donc plusieurs lignes pour une seule image.
  • Rapport du classificateur
    • BirdNET (enregistreur autonome): Un rapport détaillant les résultats trouvés par BirdNET pour chaque enregistrement média du projet. Les enregistrements qui ne produisent aucun résultat sont étiquetés « Non généré ».
    • MegaDetector: un résultat lié à la classification automatisée via MegaDetector v5 pour chaque image du projet.
    • MegaClassifier: un résultat lié à la classification automastisée via MegaClassifier v.01 pour chaque image du projet.
  • Définitions des colonnes en anglais
  • Définitions des colonnes en français

Les rapports WildTrax sont également disponibles par le biais du paquet R wildRtrax.

La structure des rapports générés par WildTrax a été développée grâce à un processus d’engagement des utilisateurs en plusieurs étapes. Si vous recherchez un autre format de rapport ou si vous souhaitez en savoir plus sur la manière d’utiliser les données incluses dans les rapports, veuillez contacter info@wildtrax.ca.

Le fichier ZIP téléchargé pour les projets acoustiques contient les CSVs suivants :

  • abstrait.csv
  • rapport_de_birdnet.csv
  • rapport_d’enregistrements.csv
  • rapport_des_sites.csv
  • rapport_d’étiquettes.csv
  • rapport_du_projet.csv
  • rapport_principale.csv
  • english_column_definitions.csv
  • french_column_defintions.csv

Le fichier ZIP téléchargé pour les projets d’appareil photo contient les CSVs suivants :

  • abstrait.csv
  • rapport_des_sites.csv
  • rapport_d’étiquettes.csv
  • rapport_d’images.csv
  • rapport_du_megaclassifier.csv
  • rapport_du_megadetector.csv
  • rapport_du_projet.csv
  • rapport_principale.csv
  • english_column_defintions.csv
  • french_column_defintions.csv

Le fichier ZIP téléchargé pour les projets de point d’écoute contient les CSVs suivants :

  • rapport_principale.csv
  • rapport_du_projet.csv
  • rapport_des_sites.csv
  • rapport_de_points_d’écoute.csv
  • abstrait.csv
  • french_column_defintions.csv
  • english_column_definitions.csv

7.2 Découvrir les données

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Découvrir les données est le centre d’exploration des données des capteurs environnementaux dans WildTrax. Dans Data Discover, vous pouvez rechercher des données provenant d’enregistreur autonome, d’appareils photographiques et des points d’écoute, en utilisant une variété de filtres d’attributs, et créer des statistiques récapitulatives dans une interface de cartographie dynamique. Ici, vous pouvez acquérir une compréhension globale des données des capteurs environnementaux dans une zone qui vous intéresse. Découvrir les données vous permet de voir quelles organisations ont publié des données sur WildTrax et quelles espèces ont été détectées, et d’explorer des éléments médiatiques tels que des images et des sons.

Explorez Découvrir les données et exploitez la richesse des données de capteurs environnementaux disponibles pour la recherche scientifique. Vous pouvez facilement rechercher des données publiées par projet ou par organisation ; une fois que vous avez trouvé les données qui vous intéressent, rendez-vous sur le tableau de bord de l’organisation ou du projet, sur Téléchargements de données ou sur wildRtrax pour les options de téléchargement des données.

Tableau de filtrage

Utilisez des filtres d’attributs ou sélectionnez un capteur spécifique pour rechercher les données disponibles. Sur le côté gauche de l’interface, le tableau des filtrages contient divers filtres permettant d’affiner votre recherche. Les résultats seront affichés sur la carte et dans un tableau en dessous. Assurez-vous que les emplacements avec des coordonnées spatiales sont visibles sur la carte, et passez facilement d’une vue de la carte de base à l’autre (lumière ou satellite) dans le coin supérieur droit.

filters fr

Vous pouvez effectuer une recherche par :

  • Taxon : Classez les données en fonction de la classe, de l’ordre, de la famille et du genre ;
  • Espèce : Recherchez des espèces individuelles ou ajoutez plusieurs espèces à votre sélection ;
  • Organisation ;
  • Projet ;
  • Dates et heures (ainsi que mois et heures) dans des intervalles définis ou avec des dates de début et de fin.

Vous pouvez supprimer les options sélectionnées dans le tableau des filtrages, en bas à gauche du tableau, à l’aide de la fonction Supprimer la couche.

Couches

layers

Explorez les données en profondeur avec jusqu’à cinq couches personnalisables. Créez une nouvelle couche en cliquant sur le numéro de couleur dans le tableau des filtrages. Vous pouvez également dupliquer une couche existante afin de conserver ses résultats et d’affiner votre exploration. Chaque couche peut être dupliquée, supprimée, rendue visible ou cachée.

La carte ci-dessous est un exemple de superposition de deux couches : la couche bleue représente les détections de loups sur les enregistreurs autonomes et la couche verte représente les détections de loups sur les caméras

example data discover map

Recherche d’une zone d’intérêt

Affinez votre sélection à l’aide de l’outil polygone situé dans le coin supérieur droit. Créez un polygone sur la carte pour un filtrage plus ciblé. Chaque couche ne supporte qu’un seul polygone, spécifique à cette couche.  Accédez à la synthèse de la couche entière en cliquant sur l’icône Synthèse de la couche dans le coin inférieur droit. La fenêtre de synthèse s’affiche également. Pour supprimer un polygone, sélectionnez-le sur la carte et cliquez sur l’icône de la corbeille.

area of interest

Fenêtre de synthèse

Les statistiques sommaires offrent une représentation visuelle des organisations, des projets, des espèces et du nombre d’étiquettes dans votre couche.

Dans la fenêtre de synthèse, les informations sont disponibles dans les onglets Sommaire et Média :

Onglet Sommaire : Affichez des diagrammes circulaires détaillant le nombre d’organisations, de projets et d’espèces pour la zone sélectionnée. Faites défiler l’écran vers le bas pour obtenir des diagrammes à barres représentant le nombre d’étiquettes au fil des mois et des heures ;

summary tab

Onglet Média : Les tuiles correspondent aux espèces étiquetées. Écoutez des clips audio ou visualisez des images. Observez la fréquence minimale et maximale d’un clip audio dans son spectrogramme. Notez que les points d’écoute n’incluent aucun média.

audio clips fr

Télécharger des données intéressantes

Après avoir utilisé Découvrir les données, vous avez peut-être trouvé une organisation ou un projet qui vous intéresse. Rendez-vous sur le tableau de bord de l’organisation ou du projet pour en savoir plus sur les propriétaires des données ou sur le projet, ou pour demander l’accès aux données. Une fois que les administrateurs du projet vous ont accordé l’accès, passez à la section Téléchargements de données pour acquérir les données.

Vous pouvez également utiliser wildRtrax pour télécharger les données.

Partager vos données sur Découvrir les données

Vous souhaitez contribuer à Data Discover ? Vous voulez que vos données soient accessibles ? Remplissez la liste suivante avant de publier vos données :

  • Toutes les tâches sont terminées ;
  • Les espèces ont été vérifiées ;
  • Les paramètres de site ou de confidentialité des données sont définis ;
  • Le statut du projet est modifié en Publié – Carte uniquement, Publié – Carte + Rapport ou Publié – Public afin que d’autres personnes puissent trouver vos données.